GWAS群體分層校正，該選用多少個PCA
前言 關於選用多少個PCA做群體分層校正，各大期刊並沒有一個統一的說法。 故做了如下綜述。 1 隨心所欲型，想選多少就選多少 PCA想選多少就選多少，這個真的不是開玩笑。有文獻出處有真相！ 比如下面文獻直接選用10個PCA校正群體分層。 Largest GWAS of PTSD ...
原文：GWAS群體分層 (Population stratification)：利用plink對基因型進行PCA
一 為什么要做祖先成分的PCA GWAS研究時經常碰到群體分層的現象，即該群體的祖先來源多樣性，我們知道的，不同群體SNP頻率不一樣，導致后面做關聯分析的時候可能出現假陽性位點 不一定是顯著信號位點與該表型有關，可能是與群體SNP頻率差異有關 ，因此我們需要在關聯分析前對該群體做PCA分析，隨后將PCA結果作為協變量加入關聯分析中。 二 怎么做PCA 首先prune一下 plink bfile f ...
2019-03-06 17:07 0 2575 推薦指數：
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