原文:綜述 - 染色質可及性與調控表觀基因組 | Chromatin accessibility and the regulatory epigenome

RNA seq這個工具該什么時候用 ATAC seq該什么時候用 有相當一部分項目設計不行,導致花大錢測了一些沒有意義的數據。 還是在中心法則這個框架下來解釋,這是生物信息的核心。打開華大科技服務官網梳理一下現在到底都有些什么測序技術: 全基因組測序和重測序 組裝以及尋找變異 外顯子和目標區域測序 RNA seq測序 基因表達 smRNA,lncRNA,circRNA,PB全長,可變剪切 甲基化測 ...

2019-02-14 17:53 0 2664 推薦指數:

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染色質可及

染色質可及Chromatin accessibility)是核內大分子能夠物理接觸染色質化DNA的程度,由核小體的占據和拓撲結構以及阻礙DNA可及的其他染色質結合因子決定。 ...

Mon Oct 11 05:26:00 CST 2021 1 1806
染色質可及數據學習

1.染色質開放測試技術 https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355 首先正常的DNA都是卷起來的,只有在表達時才會展開,也就是開放,術語上說就是具有可接近,那么ATAC-seq就是測這些染色質開放的技術。 原理: 人為地將這些DNA序列 ...

Tue Mar 03 23:32:00 CST 2020 0 865
表觀遺傳、開放染色質測序、ATAC-seq、ChIP-seq簡介

表觀遺傳   表觀遺傳的3個機制:DNA甲基化;組蛋白修飾;chromatin remodeling 開放染色質測序:   參考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012   研究目的:研究細胞的轉錄調控。   細胞的大部分時間處於 ...

Thu Jun 20 23:50:00 CST 2019 0 2376
ChIP-seq實戰 | 染色質免疫共沉淀技術 | ATAC-seq | 染色質開放測序技術

參考:生信技能樹 ChIP-Seq綜述 一些簡單的copy,純屬個人筆記。 ChIP-seq的原理 用於在全基因組范圍中研究DNA結合蛋白(相互反應)、組蛋白修飾(表觀遺傳標記)和核小體的技術,研究這三個主題可有助於了解基因之間的相互調控以及染色體的功能結構。 在生理狀態下 ...

Mon Apr 23 21:41:00 CST 2018 0 3120
基因調控網絡 (Gene Regulatory Network) 01

本文為入門級的基因調控網絡文章,主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念:基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN),簡稱調控網絡,指細胞內或一個基因組基因基因之間的相互作用關系形成的網絡,特指基因調控 (gene regulation) 導致基因 ...

Sun Feb 16 05:46:00 CST 2020 0 5387
如何根據fasta快速統計基因組大小及其各染色體長度?

基因組長度 利用seqkit統計長度 結果如下: sum_len總長度 各條染色體 利用pyfaidx 或者利用samtools建立的索引 結果 這里把gap也算進去了。如果不想統計,就自己寫個腳本吧。 https://pypi.org/project ...

Fri May 28 22:13:00 CST 2021 0 2451
綜述:如何研究植物基因組DNA羥甲基化(5hmC)?|易基因

大家好,這里是專注表觀學十余年,領跑多組學科研服務的易基因。 概述: 基因表達模式的變化可能是由於在DNA序列不變的情況下基因組發生的修飾而引起的; 這些修飾包括胞嘧啶甲基化生成5-甲基胞嘧啶(5mC),從而產生可遺傳的表觀突變和新的表觀等位基因。這種類型的非序列變異稱為表觀遺傳學 ...

Tue Apr 12 22:28:00 CST 2022 0 617
 
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