R批量做GSEA分析還沒有官方的包，但是clusterprofiler可以做，它調用了最新的gfsea包。Gene Set Testing for RNA seq fgsea教程 RNA seq是利器，大部分做實驗的老板手下都有大量轉錄組數據，所以RNA seq的分析需求應該是很大的 大部分的生信從業人員應該都差不多要沾邊吧 。 普通的轉錄組套路並不多，差異表達基因 富集分析 WGCNA netw ...
2019-02-13 12:10 0 5643 推薦指數：
全基因組關聯分析除了找到顯著的關聯位點，我們還可以做基因優化、geneset富集分析、組織富集分析，下面具體講一講怎么利用GWAS的summary數據做這個分析。 summary數據就是關聯分析的結果文件 1 軟件安裝前請確保需要滿足的系統環境 1.1 支持Mac OS X ...
1.為什么寫？ 網上教程一抓一大把，有的能重復，有的不能重復不了，很多原因。別人能做的不代表你能復制，實踐出真知。 不做搬運工，只寫有用的，防止以后忘記。每個人理解不同，記錄下來，供自己今后參考，順便分享他人。 2.GSEA基本概念 Gene Set Enrichment ...
大家應該對通路富集分析都很熟悉，如DAVID、超幾何富集分析等。都是在大量文章中常見的通路富集方法，給大家介紹一個更加復雜的通路富集分析的前期數據處理包GSVA（gene set variation analysis）與gsea選擇。GSVA是一種非參數的無監督分析方法，主要用來評估芯片核轉錄組 ...
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱，是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目，從分子功能（molecular function）、生物學過程（biological process ...
image Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method ...
Gene Ontology（GO）是基因功能國際標准分類體系。GO富集分析是對差異基因等按GO分類，並對分類結果進行基於離散分布的顯著性分析、錯判率分析、富集度分析，得到與實驗目的有顯著聯系的、低誤判率的、靶向性的基因功能分類，該分類即導致樣本性狀差異的最重要的功能差別。在芯片的數據分析中 ...
): MAGMA: Generalized gene-set analysis of GWAS data. ...
生信寶典之前總結了一篇關於GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，介紹了GSEA的定義、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edge分析等，不太了解的朋友可以點擊閱讀先理解下概念 （下面摘錄一部分）。 GSEA案例解析介紹GSEA分析之前，我們先看一篇Cell文章 ...
