Gene Ontology（GO）是基因功能國際標准分類體系。GO富集分析是對差異基因等按GO分類，並對分類結果進行基於離散分布的顯著性分析、錯判率分析、富集度分析，得到與實驗目的有顯著聯系的、低誤判率的、靶向性的基因功能分類，該分類即導致樣本性狀差異的最重要的功能差別。在芯片的數據分析中，研究者可以找出哪些變化基因屬於一個共同的GO功能分支，並用統計學方法檢定結果是否具有統計學意義，從而得出變化基因主要參與了哪些生物功能。
1. 對mRNA進行顯著性功能富集分析，得到具有顯著性、靶向性的功能以及顯著性功能對應的靶基因。（功能富集）
2. 對富集得到的顯著性功能以柱狀圖的形式展示。（功能柱狀圖）
3. 對富集得到的顯著性功能以點圖的形式展示。（功能點圖）
