畫曼哈頓圖和QQ plot 首推R包 qqman ，簡約方便。下面具體介紹以下。 一 畫曼哈頓圖 install.packages qqman library qqman 准備包含SNP, CHR, BP, P的文件gwasResults 如果沒有zscore可以不用管 ，如下所示： 上代碼，如下所示： manhattan gwasResults 如果覺得不夠美觀，考慮添加一下參數： manhat ...
2019-01-25 11:27 12 4300 推薦指數：
GWAS入門必看教程：Statistical analysis of genome-wide association (GWAS) data 名詞解釋和基本問題： 關聯分析：就是AS的中文，全稱是GWAS。應用基因組中數以百萬計的單核苷酸多態；SNP為分子遺傳標記，進行全基因組水平 ...
歡迎來到"bio生物信息"的世界 之前的推文GWAS: 曼哈頓圖，QQ plot 圖，膨脹系數（ manhattan、Genomic Inflation Factor）寫過如何用qqman包做曼哈頓圖。 但眾所周知（據我說知），這個包畫圖很丑，尤其想highlight顯著位點時，屎一樣的綠色讓人 ...
歡迎來到"bio生物信息"的世界 BMC Bioinformatics前幾天發布了一個畫曼哈頓圖的工具Manhattan++, 這個名字很好理解，Manhattan的升級版。 這個工具與之前畫曼哈頓圖的工具有什么區別呢。 最大的特點是能將顯著的位點以及注釋信息顯示在曼哈頓圖上。 可視化 ...
前段時間有位小可愛問我，為什么她的QQ圖特別飄，如果你不理解怎樣算飄，請看下圖： 理想的QQ圖應該是這樣的： 我當時的第一反應是：1）群體分層造成的；2）表型分布有問題。因此讓她檢查一下數據的群體分層情況，如果沒有問題就看一下表型分布。 這段時間有空了，我覺得有必要梳理一下這個飄逸 ...
python金融風控評分卡模型和數據分析微專業課（博主親自錄制視頻）：http://dwz.date/b9vv https://etav.github.io/python/vif_factor_python.html Colinearity is the state ...
方差膨脹系數(variance inflation factor，VIF)是衡量多元線性回歸模型中復 (多重)共線性嚴重程度的一種度量。它表示回歸系數估計量的方差與假設自變量間不線性相關時方差相比的比值。 多重共線性是指自變量之間存在線性相關關系，即一個自變量可以是其他一個 ...
本文首發於“生信補給站”，ggplot2|玩轉Manhattan圖-你有被要求這么畫嗎？更多關於R語言，ggplot2繪圖，生信分析的內容，敬請關注小號。 Manhattan圖算是GWAS分析的標配圖了，可參考Bio|manhattan圖 進行繪制。 由於Manhattan點 ...
數據的正態性檢驗 檢查數據是否滿足正態分布，一個很直觀的方法是考察數據的正態概率圖和QQ圖。在MATLAB中可以很容易實現。 正態概率圖（normal probability plot） 用於檢查一組數據是否服從正態分布。是實數與正態分布數據之間函數關系的散點圖。如果這組實數服從正態分布，正 ...
