原文:NCBI之gene系列

基因系列中的data索引 基因ID之間的轉換 對於生信,依托於別人的工具不如自己動手,由於研究發表的滯后性,往往很多工具提供的轉換並不是最新的,況且開發者水平也參差不齊,理解原理才能讓你來去自如。 今天主要記錄幾個ID轉換的方式: 以果蠅為例 詳細的了解閱讀下面:ftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov gene DATA README 從NCBI下載基因ID信息:ftp: ftp.n ...

2019-01-13 19:20 0 597 推薦指數:

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gene ID,gene symbole,EnsembleID

gene symbol: TP53 gene ID:7157。Entrez Gene ID,它是目前國際上最權威的Gene ID編號! GENECODE:GENECODE來自Ensembl數據庫。沒有ID。它有gtf文件。 HGNC(人類基因命名委員會)只對人類基因進行命名 ...

Tue Oct 15 16:50:00 CST 2019 0 1688
Gene Ontology (GO) 簡介

為了查找某個研究領域的相關信息,生物學家往往要花費大量的時間,更糟糕的是,不同的生物學數據庫可能會使用不同的術語,好比是一些方言一樣,這讓信息查找更加麻煩,尤其是使得機器查找無章可循。Gene Ontology就是為了解決這種問題而發起的一個項目。 Gene Ontology中最基本的概念 ...

Tue Mar 20 04:54:00 CST 2012 0 6610
NCBI下載SRA數據

NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...

Tue Feb 27 00:42:00 CST 2018 0 6223
Gene Ontology (GO) 注釋

Gene Ontology (GO) 注釋 Posted on 2017-06-11 | In 生信 相似的基因在不同物種中,其功能往往保守的。顯然,需要一個統一的術語用於描述這些跨物種的同源基因及其基因產物的功能,否則,不同的實驗室對相同的基因的功能的描述不同,將極大限制學術 ...

Fri Jul 12 00:43:00 CST 2019 0 530
如何研究某個gene的ceRNA 網絡

研究人員針對 PTEN 這個關鍵的抑癌基因,來探究調控該基因表達的ceRNA 網絡; 分析策略: 1)預測能調控該基因的miRNAs 通過miRanda 軟件預測和實驗驗證相結合的方式,挑選 ...

Tue May 02 22:12:00 CST 2017 0 1870
基因的結構 gene structure

很多網站對基因結構的描述不清晰或不准確,此處給出較為權威的基因結構: ...

Tue Feb 25 18:37:00 CST 2020 0 1304
如何往ncbi上上傳數據

NCBI上上傳數據: 1.注冊並登陸NCBI,點擊主頁的submit選項 2.創建bioproject,以及biosample號 (Bioproject: Bioproject是一個項目的編號,在文章發表的時候,讀者需要通過這個號來找到你文章中的數據存放到哪里去了,因此,在投稿之前 ...

Wed Jun 20 01:10:00 CST 2018 0 1043
 
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