前面我們大量NGS相關教程視頻免費發布在B站,都是使用NCBI的SRA數據庫下載sra文件后轉為fastq進行NGS分析流程,其實是因為我本人一直不在中國大陸,所以沒有網絡問題。但是學生們不一樣,同樣的命令他們prefetch的下載比蝸牛還慢,即使加上aspera后也會面臨sra文件轉為 ...
前面我們大量NGS相關教程視頻免費發布在B站,都是使用NCBI的SRA數據庫下載sra文件后轉為fastq進行NGS分析流程,其實是因為我本人一直不在中國大陸,所以沒有網絡問題。但是學生們不一樣,同樣的命令他們prefetch的下載比蝸牛還慢,即使加上aspera后也會面臨sra文件轉為 ...
Downloading and installing the SRA Toolkit step1: 下載並安裝SRAtoolkit (Download the Toolkit from ...
omop cdm數據質控 1 安裝R與package 安裝R環境 使用如下命令安裝並啟用 EPEL (如果已經安裝過則忽略) 使用如下命令安裝R 安裝DatabaseConnector包 OHDSI開源項目,R包,提供連接數據庫方法,可連接各種數據庫,直接 ...
通常我們下機得到的數據是raw reads,但是公司通常會質控一份給我們,所以到很多人手上就是clean data了。我們再次使用fastqc來進行測序數據質量查看以及結果分析。 fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq ...
選擇啊。 想自動化?trim_galore 完美的符合了你的需求,無需自己去查接頭,全自動質量過濾,噢耶。 ...
cutadapt 參考:用cutadapt軟件來對雙端測序數據去除接頭 fastqc可以用於檢測,檢測出來了怎么辦? 看了幾篇高水平文章,有不少再用cutadapt,雖然有時候數據真的不錯,但是還是要質控一下,修剪一下。 cutadapt -a ADAPTER_FWD ...
二代測序的分析過程中,經常需要統計原始下機數據的數據量,看數據量是否符合要求;另外還需要統計q20,q30,GC含量等反應測序質量的指標; 在kseq.h 的基礎上稍加改造,就可以實現從fastq 文件中統計這些指標的功能,而且速度非常的快 源代碼保存為 parse.c ...
主流工具: FastQC fqcheck readfq 拿到測序數據的第一步就是做質量控制 fqcheck之后得到的結果: 它會統計每條reads,按read 1-100位點計算每個位置的ACGTN含量,以及0-41質量值的個數 最終會得到整體的錯誤率,GC,Q20 ...