質控工具之TrimGalore使用方法


TrimGalore

就是一個簡單的perl wrapper,打包了fastqc和cutadapt,但是卻非常實用。

因為cutadapt的參數選擇實在是有夠復雜,光接頭類型就有5種,還有各種參數,大哥,我就想去去接頭、trim一下質量而已,你就不能自動搞了嗎。不要給選擇困難症的我這么多選擇啊。

想自動化?trim_galore 完美的符合了你的需求,無需自己去查接頭,全自動質量過濾,噢耶。

還能和mutilqc完美對接,生成網頁版報告。

 

使用比較簡單直接:

trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o $out_dir --paired $raw_fq1 $raw_fq2

 

其他參數無需選擇,默認的就可以了,是不是十分之自動化。  

參見說明文檔


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