原文:HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據

HISAT ,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據 本文總閱讀量次 HISAT ,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據思路如下: 數據質控 將RNA seq的測序reads使用hisat 比對 samtools將sam文件轉成bam,並且排序,為下游分析做准備 stringtie對每個樣本進行轉錄本組裝 stringtie 將所有樣本的轉錄本進行合並 注意:此處的mer ...

2018-11-09 21:46 0 1422 推薦指數:

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HISAT2+StringTie+Ballgown安裝及使用流程

HISAT2+StringTie+Ballgown安裝及使用流程 2015年Nature Methods上面發表了一款快速比對工具hisat,作為接替tophat和bowtie的比對工具,它具有更快的比對速度和更高的比對率,最近把這個流程走完一遍,感覺優勢還是很明顯的。 一、HISAT2 ...

Sat Nov 10 05:51:00 CST 2018 0 3946
轉錄差異表達分析工具Ballgown

Ballgown是分析轉錄差異表達的R包。 軟件安裝: 運行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R會自動安裝Ballgown,及相應的依賴包。 Ballgown的輸入文件 ...

Wed Dec 13 20:37:00 CST 2017 0 3077
RNA-Seq基因比對工具HISAT2

原文網址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼任者,使用改進的BWT算法,實現了更快的速度和更少的資源占用,作者推薦TopHat2/Bowti2和HISAT的用戶轉換到HISAT2。官網:https ...

Thu Jul 19 23:07:00 CST 2018 0 1289
HISAT2 下載和使用

HISAT2官網https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ HISAT2 下載 https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/ Binaries Version: HISAT2 2.2.1 ...

Fri Jun 11 05:34:00 CST 2021 0 1641
Hisat2 bowtie2比對結果解讀(Hisat2 Alignment summary)

RNA-seq數據的比對結果怎么解讀?網上有很多人問,這里做一個大致的總結。 Hisat2和bowtie2比對后產生的Alignment summary的格式是一樣的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

Sun Mar 11 01:34:00 CST 2018 0 6401
轉錄組組裝軟件stringtie

StringTie是約翰·霍普金斯大學計算機生物中心開發的一款轉錄組組裝軟件,在組裝轉錄本的完整度,精度和速度方面都較以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有參考基因轉錄主流的組裝軟件。 軟件的下載 StringTie 使用說明:新版本更新之后去掉了一些參數 ...

Wed Jun 19 01:23:00 CST 2019 0 501
 
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