原文:常用生信分析軟件

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2018-11-02 22:05 0 906 推薦指數:

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分析常用腳本(二)--SOAPdenovo

1.SOAPDenovo配置文件示例 軟件下載安裝和使用:http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html asm.cfg 運行腳本: run.sh 02. VCFtools的使用 軟件下載和使用 ...

Sat Nov 03 05:48:00 CST 2018 0 671
軟件工具-Trimmomatic

Trimmomatic 注意:軟件工具一般會定期進行迭代更新,如果使用出現問題,請查看官方文檔。 可以用來切除illumina測序平台的接頭序列,還可以去除由我們自己指定的特定接頭序列,而且同時也能夠過濾read末尾的低質量序列。具體的原理就是通過滑動一定長度的窗口,計算 ...

Mon Jul 13 17:18:00 CST 2020 0 935
軟件工具-fastp

fastp 注意:軟件工具一般會定期進行迭代更新,如果使用出現問題,請查看官方文檔。 fastp是一款數據質控過濾軟件,作者是陳實富,來自深圳海普洛斯公司。他們將這款工具開源免費使用,這一點是非常值得稱贊的。其實國內很多測序公司都有自己開發的數據處理程序,不過很多都在內部使用 ...

Wed Jul 15 00:24:00 CST 2020 0 2394
部署一個簡單的分析流程

在生公司里,有相當一部分人都是負責編寫流程和維護流程。 流程pipeline,就是讓用戶(前端)在填寫配置文件后能夠一鍵運行的腳本,最終自動得出結果,並生成報告,有的公司還會將結果上傳。 自動化pipeline必須具備的功能: 讀取配置文件,生成相應的待執行的腳本 按照先后 ...

Tue Nov 29 00:03:00 CST 2016 0 3608
Linux 項目案例在線分析

,可以快速、批量、靈活的處理數據的提取、統計和整理等耗時耗力的重復性工作。日常分析中,多數整理工作 ...

Tue Jun 09 17:18:00 CST 2020 0 728
軟件工具-trim_galore

trim_galore 注意:軟件工具一般會定期進行迭代更新,如果使用出現問題,請查看官方文檔。 網址:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 需先安裝fastqc ...

Wed Jun 24 17:45:00 CST 2020 0 1178
分析-windows-blast序列比對

這是一個嘗試性的文章,能不能解決我要解決的問題,並不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,實現將短序列比對上reference基因組,並實現變異位點可視化。===補言=== 比對常用的是NCBI網站,打開NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心 ...

Thu Dec 03 02:28:00 CST 2020 0 487
基礎知識【04】GO和pathway分析

非原創 參考資料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息學討論版 -丁香園論壇http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的縮寫,GO數據庫分別從功能、參與的生物途徑及細胞 ...

Fri Jun 22 19:59:00 CST 2018 0 16287
 
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