原文:生信分析常用腳本(二)--SOAPdenovo

.SOAPDenovo配置文件示例 軟件下載安裝和使用:http: soap.genomics.org.cn soapdenovo.html asm.cfg 運行腳本: run.sh . VCFtools的使用 軟件下載和使用: https: vcftools.github.io documentation.html https: vcftools.github.io man latest.ht ...

2018-11-02 21:48 0 671 推薦指數:

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常用分析軟件

官網 源碼 安裝&使用 BWA http://bio-bwa.sourceforge.net/ ht ...

Sat Nov 03 06:05:00 CST 2018 0 906
部署一個簡單的分析流程

在生公司里,有相當一部分人都是負責編寫流程和維護流程。 流程pipeline,就是讓用戶(前端)在填寫配置文件后能夠一鍵運行的腳本,最終自動得出結果,並生成報告,有的公司還會將結果上傳。 自動化pipeline必須具備的功能: 讀取配置文件,生成相應的待執行的腳本 按照先后 ...

Tue Nov 29 00:03:00 CST 2016 0 3608
Linux 項目案例在線分析

,可以快速、批量、靈活的處理數據的提取、統計和整理等耗時耗力的重復性工作。日常分析中,多數整理工作 ...

Tue Jun 09 17:18:00 CST 2020 0 728
分析-windows-blast序列比對

這是一個嘗試性的文章,能不能解決我要解決的問題,並不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,實現將短序列比對上reference基因組,並實現變異位點可視化。===補言=== 比對常用的是NCBI網站,打開NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心 ...

Thu Dec 03 02:28:00 CST 2020 0 487
基礎知識【04】GO和pathway分析

非原創 參考資料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息學討論版 -丁香園論壇http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是Gene ontology的縮寫,GO數據庫分別從功能、參與的生物途徑及細胞 ...

Fri Jun 22 19:59:00 CST 2018 0 16287
beanshell腳本常用腳本

在利用jmeter進行接口測試或者性能測試的時候,我們需要處理一些復雜的請求,此時就需要利用beanshell腳本了,BeanShell是一種完全符合Java語法規范的腳本語言,並且又擁有自己的一些語法和方法,所以它和java是可以無縫銜接的。beanshell由於內置了一些特有的變量,沒法在一些 ...

Sat Nov 14 01:22:00 CST 2020 0 2747
慕課-序列比較筆記

來自:中國大學mooc-山東大學 生物信息學 課程 1.什么是序列? 序列就是字符串。 s就是一個序列。(原來序列是這么簡單的,聽着太高大上了) 蛋白質序列:由20個不同的字母(氨基酸)排 ...

Sat Oct 06 06:58:00 CST 2018 0 854
面試工程師3

近期面試的工程師。 福建農林大學的生物信息碩士畢業,在某基因檢測大廠下的一家福州子公司做研發。 讀書期間做農口,畢業兩年一直做醫口,非交付崗位,屬於與醫院合作發文的形式。主要是利用一些經典機器學習方法篩選疾病標志物。 優點是編程基礎尚可,能用機器學習做一些分析,技術原理掌握的也還行 ...

Fri Nov 19 05:45:00 CST 2021 0 187
 
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