【變異檢測】SNP INDEL檢測
重測序SNP和INDEL變異檢測主要有3套方案，samtools+bcftools、GATK、assembly-versus-assembly 1.samtools+bcftools方法 samtools和bcftools是我們做生信最常用的軟件之一，功能非常的強大。這套軟件組合 ...
原文：NGS檢測SNP
，Fastq數據質控 ,Fastq轉化成bam，包含頭文件 ,sam 轉化成bam，如果SAM文件中有header SQ lines。 ,sort bam , 標記重復 , index 一下 ,Base Quality Score Recalibration , 使用GATK檢測SNP 使用samtools和bcftools檢測SNP 也有直接用perl 腳本實現。在使用bcftools 得到v ...
2018-10-17 17:48 0 800 推薦指數：
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