一、CNV 簡介 拷貝數異常(copy number variations, CNVs)是屬於基因組結構變異（structural variation），根據大小可分為兩個層次：顯 微水平（microscopic）和亞顯微水平(submicroscopic)。顯微水平 ...

目錄 1.安裝 2.測試 3.動植物群體檢測CNV 知名的拷貝數變異分析工具幾乎都是為人類變異檢測開發，對於動植物重測序分析有些尷尬。不過好在植物群體研究不必那么精細，用同樣的工具也可做分析。 地址：https://github.com ...

前言 拷貝數變異（copy number variation ,CNV）是指基因組上某些大片段的拷貝數增加或減少，可分為缺失（deletion）和重復（duplication）兩種類型。CNV是一種基因組結構變異，可通過改變基因劑量和轉錄結構 ...

前言 SV（大片段結構變異）指在基因組水平上大片段的insertion,deletion,inversion,translocation,duplication等變異。 　　SV檢測分重測序部分和基因組部分，重測序又分二代測序數據和三代測序數據之分。每種分析方法用到 ...

Step-1: Run varscan2 on normal-tumor-mpileup and make copy-number call.java -jar $varscan copynumber ...

一、背景 在維護Linux服務器的時候，我們有時需要拷貝Windows下的文件到服務器，這個時候我們需要如何通訊呢？ 在虛擬機中，我們有時候需要和本機進行數據的交互，可能會繁瑣通過網絡傳送數據，或者直接通過U盤這樣的方式在本機和虛擬機之間進行數據的交互。 二、過程 Windows下 ...

JAVA數組的復制是引用傳遞，而並不是其他語言的值傳遞。 這里介紹java數組復制的4種方式極其問題： 第一種方式利用for循環： int[] a={1,2,4,6}; i ...

文章題目：Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue 特點： 可以檢測配對樣本，也可以檢測帶reference的tumor樣本。但是沒有考慮腫瘤異質性問題。使用 ...