原文:org.Hs.eg.db包簡介(轉換NCBI、ensemble等數據庫中基因ID,symbol等之間的轉換)

安裝載入 if org.Hs.eg.db in rownames installed.packages FALSE source http: bioconductor.org biocLite.R biocLite org.Hs.eg.db suppressMessages library org.Hs.eg.db 查看該包所有的對象 ls package:org.Hs.eg.db 功能:可以用 ...

2018-09-09 10:15 0 1873 推薦指數:

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加載org.Hs.eg.db失敗問題

org.Hs.eg.db安裝成功,但加載時失敗: 先運行options(connectionObserver = NULL)命令,后繼續加載此可成功 ...

Sun Apr 25 02:20:00 CST 2021 0 328
Ensemble ID轉換

Ensemble ID Ensemble ID 是Ensembl 數據庫使用的ID標識符,用於標識不同的分子特征,如基因,轉錄本,外顯子,蛋白。大多數據庫都有一套自己的ID命名。ID 主要是為消除歧義,在特征注釋或數據庫更新時也能保持一致。不像人為命名的分子名字,如基因名字那樣可能發生改變 ...

Thu Jan 28 18:01:00 CST 2021 0 617
使用"biomaRt"進行基因ID轉換

1、安裝"biomaRt" 2、"ensembl_transcript_id_version" 轉 "refseq_mrna", "ensembl_gene_id", "hgnc_symbol" 輸入文件file.txt如下所示: 轉換命令如下: 輸出文件new如下所示: ...

Tue Jul 27 19:15:00 CST 2021 0 184
如何將DB2的數據庫轉換到mySQL

  經過幾次嘗試最終找到解決的辦法,因為網上並沒有詳細說明,所以下面我將詳細的步驟記錄如下:   1. 大前提是你已經安裝好DB2服務器和mySQL服務器,現在只是借用Navicat for MySQL這個軟件把DB2數據庫轉換到mySQL中去。   2. 首先利用這個軟件建立一個連接 ...

Mon Jan 20 08:36:00 CST 2014 2 3665
基因id轉換

DAVID網站提供了id轉換的功能 1 選擇上傳gene list文件 2 選擇上傳ID的類型,我們ID-list.txt的是Ensembl Gene ID,所以這里選ENSEMBL_GENE_ID 3 這個是類型,因為只做ID轉換,所以選Gene ...

Thu May 09 15:48:00 CST 2019 0 2332
bioMart進行基因id轉換

1.bioMart的介紹 bioMart是一個連接bioMart數據庫的R語言接口,能通過這個軟件自由連接到bioMart數據庫,這個可以做以下幾個工作: 1.查找某個基因在染色體上的位置。反之,給定染色體每一區間,返回該區間的基因; 2.通過EntrezGene的ID ...

Tue Dec 17 23:40:00 CST 2019 0 9191
NCBI SRA數據庫

簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...

Thu Jul 19 04:44:00 CST 2018 0 1663
 
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