簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院（NIH）的高通量測序數據的主要歸檔，是國際核苷酸序列數據庫協作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列讀取存檔（SRA），歐洲生物信息學研究所（EBI）和DNA數據庫 日本（DDBJ）。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...

從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情，但是今天碰到幾個坑： 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網，直接在SRA搜索欄里： 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...

  今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接，網上查發現都是老的方法，NCBI頁面已經變更，於是看了NCBI的help，並且記錄下來新版的sra數據下載方法，要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄，總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法（中斷不能繼續 ...

目錄 1.Conda連接不上鏡像源問題 2. aspera不能再獨立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下載方法 記錄下下載過程，為自己和后人避坑。 1.Conda連接不上鏡像源問題 首先是anaconda安裝軟件 ...

GEO數據庫 GEO數據庫隸屬於NCBI，是最大最全面的基因表達數據庫，主要是芯片和轉錄組測序數據。除儲存數據外，也提供一些數據挖掘工具，因此利用好這個數據庫，沒有實驗，沒有自己的數據也能發好文章！ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ...

NCBI（National Center for Biotechnology Information，美國國家生物技術信息中心）除了維護GenBank核酸序列數據庫外，還提供數據分析和檢索資源。NCBI資源包括Entrez、Entrez編程組件、MyNCBI、PubMed、PudMed ...

下了一些sra數據庫中的公共數據，因為pretech和aspera不穩定，稍微大點的文件經常傳斷，部分文件我只能通過本地下載再上傳。 那么問題來了，sra沒有md5校驗，我怎么知道我數據的完整性，尤其是通過本地下載的那些數據？ 網上查了下是說，sra是自帶md5校驗的（The SRA ...

如何下載NCBI blast數據庫？ 有哪些可供下載的blast數據庫？ blast如何使用？ blast構建索引 | makeblastdb ...