原文:bed文件格式解讀

BED文件 BED文件 Browser Extensible Data 格式是ucsc 的genome browser的一個格式 ,提供了一種靈活的方式來定義的數據行,以用來描述注釋信息。BED行有 個必須的列和 個額外可選的列。每行的數據格式要求一致 見下圖 。 每條線的字段數目必須是任意單條數據的在注釋上一致。 BED文件結構: 必須有以下 列 chrom :即染色體號 chromStart ...

2018-08-19 11:43 0 811 推薦指數:

查看詳情

BED文件格式

BED 文件格式 BED 文件格式是一個可變方式的數據線,用來描述注釋的數據。BED線有3個要求的字段和9個額外的字段。每條線的字段數目必須是任意單條數據的在注釋上一致。可選字段的序試結合低數字的字段必須流行如果高位字段被使用。 首先是三個要求的BED字段 chrom ...

Thu Aug 30 17:56:00 CST 2012 0 3336
BED文件格式

bed文件(browse extensive data)以及gff文件(general fearture format) bed文件 第一列是染色體或者contig信息。 第二列是起始位置,從0開始。 第三列是終止位置。 第四列是bed列的名字。 第五列是score。 第六列是鏈方向 ...

Tue Mar 10 00:08:00 CST 2020 0 1004
生信文件格式-BED文件

BED文件格式 注釋文件就是基因組的說明書。告訴我們哪些序列是編碼蛋白的基因,哪些是非編碼基因,外顯子、內含子、UTR等的位置等等。注釋文件在以下三個提供參考基因組的網站中都有提供,比如Ensemble、NCBI 、UCSC。但是現在最權威的人類和小鼠基因組的注釋還屬Gencode ...

Mon Jun 22 23:56:00 CST 2020 0 580
bedtools神器 | gtf轉bed | bed文件運算

我們生信技能書有一篇介紹bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用。 bedtools 用法大全 http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf轉bed用Linux命令完全可以實現,因為gtf每一行比較規律,不像fasta和fastq ...

Sun Mar 25 12:16:00 CST 2018 0 3738
plink:ped格式轉換為bed格式

命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME   第一個FILENAME的后綴為.ped和.map,生成的第二個FILENAME的后綴為.bed、.bim、.fam 參考鏈接: https ...

Mon May 07 01:19:00 CST 2018 0 1030
文件格式解讀sam格式文件

1,SAM文件格式介紹 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比對文件格式,詳細介紹文檔:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由兩部分組成,頭部區和主體區,都以tab分列 ...

Wed Dec 25 00:34:00 CST 2019 0 1129
mat文件格式解讀與使用

上文介紹的是,運用matlab提供的api函數讀取mat文檔的數據,從調用的方法可以看出,存在着很大的局限性。因此本文從mat文件格式,運用C++編程方式讀取mat文檔內容 擺脫matlab的api調用的束縛。 mat文檔的格式 在matlab version 5中,MAT文件由一個128 ...

Sun Nov 10 05:17:00 CST 2013 0 6966
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM