原文:RNA-seq分析htseq-count的使用

HTSeq作為一款可以處理高通量數據的python包,由Simon Anders, Paul Theodor Pyl, Wolfgang Huber等人攜手推出HTSeq A Python framework to work with high throughput sequencing data。自發布以來就備受廣大分析人員青睞,其提供了許多功能給那些熟悉python的大佬們去自信修改使用,同 ...

2018-07-19 22:44 0 10994 推薦指數:

查看詳情

RNA-Seq分析軟件HTSeq的安裝

1.本人剛開始安裝的時候,先下載相關的軟件包,然后安裝installtion中的方法安裝, 運行的時候老是報錯。根據錯誤提示安裝解決方法。也參考了其他的筆友的一些建議, 發現特別麻煩,后來無意中發現有小伙伴用bioconda來安裝,一個命令,簡單快捷。 2.bioconda安裝HTSeq ...

Sun Sep 10 03:24:00 CST 2017 0 1324
HTseq-count

HTSeq:一個用於處理高通量數據(High-throughout sequencing)的python包。HTSeq包有很多功能類,熟悉python腳本的可以自行編寫數據處理腳本。另外,HTSeq也提供了兩個腳本文件能夠直接處理數據:htseq-qa(檢測數據質量)和htseq-count ...

Sat Jul 15 17:13:00 CST 2017 0 1876
RNA-seq(9):功能富集分析

這部分開始進行基本的富集分析,兩類 A:差異基因富集分析(不需要表達值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有無差異,需要全部genes表達值 ...

Sat Dec 15 19:18:00 CST 2018 0 1543
RNA-Seq分析——KEGG富集分析

入學到現在已經有小半年了,最近正好在做RNA-Seq分析,記錄一下自己的成長軌跡。 以下是我用clusterProfiler對擬南芥的差異表達基因做的kegg富集分析: # 載入需要的R包 library(clusterProfiler) # 載入我用edgeR得到的差異表達 ...

Wed Dec 18 05:58:00 CST 2019 0 1512
RNA-seq 數據的簡單分析

主要介紹如何分析RNA-seq 數據 參考文檔 Wikipedia-RNA-seq paper: RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics TopHat Cufflinks CummeRbund TopHat ...

Fri Oct 09 04:56:00 CST 2015 0 11048
Bulk RNA-seq 轉錄組分析

Reference : https://cloud.tencent.com/developer/article/1703051 https://blog.csdn.net/weixin_44452 ...

Fri Nov 06 22:52:00 CST 2020 0 714
RNA-seq 基本分析流程

高通量測序技術,就是二代測序,已經成為現代生物學研究的一個較為常規的實驗手段。這一技術的發展極大地推動了基因組學,表觀基因組學以及翻譯組學的研究。RNA-seq 通過測定穩定狀態下的RNA樣品的序列來對RNA樣品進行研究,從而避免了許多之前研究手段的不足,比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知識 ...

Wed Feb 27 02:20:00 CST 2013 2 14247
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現,轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況,主要分為兩類,一類是基於雜交,一類是基於下一代測序技術 ...

Fri Oct 19 05:42:00 CST 2018 0 2871
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM