原文:RNA-Seq基因組比對工具HISAT2

原文網址: http: blog.biochen.com archives HISAT 是TopHat Bowti 的繼任者,使用改進的BWT算法,實現了更快的速度和更少的資源占用,作者推薦TopHat Bowti 和HISAT的用戶轉換到HISAT 。官網:https: ccb.jhu.edu software hisat index.shtml HISAT 安裝 下載HISAT . . ,並解 ...

2018-07-19 15:07 0 1289 推薦指數:

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轉錄測序(RNA-seq)技術

轉錄是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合。轉錄研究能夠從整體水 平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理,已廣泛應 用於基礎研究、臨床診斷和葯物研發等領域。基於 Illumina 高通量測序平台的轉錄測序技術使 能夠在單核苷酸水平 ...

Sun May 12 00:18:00 CST 2019 0 1336
Bulk RNA-Seq轉錄學習

與之對應的是single cell RNA-Seq,后面也會有類似文章。 參考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作業:RNA-seq基礎入門傳送門 資料:RNA-seq Data Analysis-A Practical ...

Thu Aug 03 00:39:00 CST 2017 0 3218
Hisat2 bowtie2比對結果解讀(Hisat2 Alignment summary)

RNA-seq數據的比對結果怎么解讀?網上有很多人問,這里做一個大致的總結。 Hisat2和bowtie2比對后產生的Alignment summary的格式是一樣的,如下: Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

Sun Mar 11 01:34:00 CST 2018 0 6401
mVISTA 多序列比對葉綠體基因組

mVISTA可對2個或者多個DNA序列進行比較,可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 0 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上傳文件不得> 10 Mb ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種學的出現,轉錄學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄的情況,主要分為兩類,一類是基於雜交,一類是基於下一代測序技術 ...

Fri Oct 19 05:42:00 CST 2018 0 2871
single-cell RNA-seq 工具大全

【怪毛匠子-整理】 awesome-single-cell List of software packages (and the people developing these methods) for single-cell data analysis, including RNA-seq ...

Thu Dec 27 01:54:00 CST 2018 0 702
 
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