原文:ANNOVAR工具

annovar軟件組件介紹之一 table annovar.pl 譯 對於初學者,使用ANNOVAr的最簡單方法是使用table annovar.pl程序,該程序采用輸入突變文件 例如,VCF文件 並生成帶有多個制表符分隔的輸出文件,每個列表示一組注釋。另外,如果輸入是VCF文件,則程序還生成新的VCF輸出文件,其中INFO字段填充有注釋信息。 假設我們已經下載了ANNOVAR包並使用tar z ...

2018-07-18 21:07 0 1199 推薦指數:

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Annovar 信息注釋

ANNOVAR 注釋軟件 ANNOVAR簡介 ANNOVAR結構 ANNOVAR下載數據庫 ANNOVAR輸入格式 ANNOVAR格式轉換 ANNOVAR注釋功能 用table_annovar ...

Sat Dec 30 00:13:00 CST 2017 0 2638
annovar 注釋除人類以外的SNP

1. 准備文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可將gff3轉化為gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred與gtfToGenePred工具將gtf或gff3文件轉化為reference_refGene.txt (軟件來自 ...

Tue Sep 03 20:06:00 CST 2019 0 358
如何用annovar下載數據庫

主要參考annovar官網 https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/startup/ 里面寫道 First, we need to download appropriate database ...

Wed Mar 10 22:31:00 CST 2021 0 408
制作annovar注釋依賴的cosmic數據庫

1. 文件准備 COSMIC相關文件下載 COSMIC更新了下載規則。以前直接用ftp可以下載,現在麻煩一些,要根據它們提供的指導規則下載。 以GRCh37/cosmic/v90/VCF/Cosm ...

Fri Sep 20 18:13:00 CST 2019 0 401
Annovar注釋非人類基因組,如小鼠mm9

annovar一般只包含人類基因組注釋數據庫,其他的物種如小鼠需要自己進行建立注釋信息。 第一步:下載annovar軟件上Annovar官網下載(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/),現在要郵件 ...

Tue Jul 04 05:19:00 CST 2017 0 1576
工具(6): 開發工具

0x01 目的 好工具索引&要點記錄 0x02 SOP 工具和結構化 0x03 工具集合 思維導圖: xmind , mindmanager, freemind 原型設計工具: 墨刀-移動應用原型與線框工具 ...

Fri Mar 15 18:43:00 CST 2019 4 619
ETL 工具和 BI 工具

ETL是數據倉庫中的非常重要的一環,是承前啟后的必要的一步。ETL負責將分布的、異構數據源中的數據如關系數據、平面數據文件等抽取到臨時中間層后進行清洗、轉換、集成,最后加載到數據倉庫或數據集市中,成為聯機分析處理、數據挖掘的基礎。下面給大家介紹一下什么是ETL以及ETL常用的三種工具 ...

Fri Jan 18 02:36:00 CST 2019 0 1138
telnet 工具

關於 telnet 命令 telnet命令通常用來遠程登錄。telnet程序是基於TELNET協議的遠程登錄客戶端程序。Telnet協議是TCP/IP協議族中的一員,是Internet遠程登陸服務的 ...

Tue Oct 02 23:56:00 CST 2018 1 2452
 
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