主要參考annovar官網
https://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/startup/
里面寫道
First, we need to download appropriate database files using annotate_variation.pl, and next we will run the table_annovar.pl program to annotate the variants in the example/ex1.avinput file.
先使用annotate_variation.pl下載合適的數據庫
官網示例命令
annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar refGene humandb/
annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb cytoBand humandb/
annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar exac03 humandb/
annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar avsnp147 humandb/
annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar dbnsfp30a humandb/
table_annovar.pl example/ex1.avinput humandb/ -buildver hg19 -out myanno -remove -protocol refGene,cytoBand,exac03,avsnp147,dbnsfp30a -operation gx,r,f,f,f -nastring . -csvout -polish -xref example/gene_xref.txt
實踐操作命令
在下載的annovar軟件路徑可以找到annotate_variation.pl
比如想下載hg38的gnomad數據庫
命令一
annotate_variation.pl -buildver hg38 -downdb gnomad30_genome /your_own_data_path/03.annovar_download/humandb
用-buildver選擇數據庫，用-downdb 選擇要下載的數據庫名稱（名稱來自annovar官網首頁極少）,這樣操作會看到是從UCSC上下載
命令二 指定下載位置
annotate_variation.pl -buildver hg38 -downdb --webfrom annovar gnomad30_genome /your_own_data_path/03.annovar_download/humandb
加入-webfrom 可以指定下載來源，這樣操作是從annovar下載，經測試會更快些