原文:python實現DNA序列字符串轉換,互補鏈,反向鏈,反向互補鏈

在生物信息學分析中,經常對DNA序列進行一系列操作,包括子序列截取,互補序列獲取,反向序列獲取,反向互補序列獲取。在python語言中,可編寫如下函數完成這些簡單功能。 子序列截取 python中對序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作是 base 的,包左不包右。 互補序列獲取 比較常見的做法是定義一個鹼基替換字典,如下所示: 使用python 字符串使用的transla ...

2018-07-18 20:59 0 3217 推薦指數:

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利用python求一段DNA序列互補序列

代碼如下: 這是將從一個txt文件中導入序列,然后將互補后的結果輸出到另外一個文件中。 如果一個段序列不長,直接中python交互式界面完成感覺更方便 先定義的一個字典: complement = {'C': 'G', 'G': 'C', 'T ...

Wed Jan 11 20:42:00 CST 2017 0 2648
[Python] 一階馬爾科夫生成隨機DNA序列

1. 原理   對於DNA序列,一階馬爾科夫可以理解為當前鹼基的類型僅取決於上一位鹼基類型。如圖1所示,一條序列的開端(由B開始)可能是A、T、G、C四種鹼基(且可能性相同,均為0.25),若序列的某一位是A,則下一位鹼基是A、T、G、C的概率分別為0.25、0.20、0.20、0.20,下一 ...

Mon Nov 25 06:38:00 CST 2019 0 476
DropBox反向代理+CDN加速,做外和圖床

DropBox就不用介紹了吧,是雲同步的軟件,雖然現在國內這種網盤太多了,但是論功能,真心的與DropBox差遠了。 今天折騰了一下DropBox的外,哈哈,超級不錯。 當然了好處也多多,以后的圖片可以不用傳到又拍網,或者自己的空間了。省了空間流量還剩 了時間,最重要的是Dropbox ...

Tue Aug 28 00:01:00 CST 2012 0 4773
python實現區塊代碼

如果你明白了原理其實挺簡單的。 加密算法是python自帶的 需要導入hashlib import hashlib as hash sha = hasher.sha256() sha.update('your content') print sha.hexdigest() 輸出 ...

Thu Mar 01 01:28:00 CST 2018 0 1032
 
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