NCBI下載SRA數據
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情，但是今天碰到幾個坑： 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網，直接在SRA搜索欄里： 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
原文：【只要有ENA千萬別用NCBI】拆分SRA文件，通過SRAtoolkits
只要有ENA千萬別用NCBI 最近開始分析網上Download的數據，一開始用人家現成的GWAS數據，后來覺得反正自己的數據到手該做的也是要做的，出來混早晚是要還的，所以就開始從頭分析一些SRA的數據，我以為會很簡單，事實證明是我簡單了。 首先我們下了這樣的一串數據， .sra格式： 這些數據需要把他們變成fastq格式我們才好下手，這些數據是雙端有 ，也有 bp的重測序，也就是說這里的數據是被稱 ...
2018-07-13 12:30 0 1083 推薦指數：
相關推薦
<二代測序> 批量下載 NCBI sra 文件
介紹了如何採用 sra-toolkit 下載 sra 文件，可是假設你想下載整個項目的全部樣本。應該如何 ...
NCBI SRA數據庫
簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院（NIH）的高通量測序數據的主要歸檔，是國際核苷酸序列數據庫協作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列讀取存檔（SRA），歐洲生物信息學研究所（EBI）和DNA數據庫 日本（DDBJ）。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...
NCBI下載sra數據（新）
今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接，網上查發現都是老的方法，NCBI頁面已經變更，於是看了NCBI的help，並且記錄下來新版的sra數據下載方法，要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄，總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法（中斷不能繼續 ...
千萬別用MongoDB？真的嗎？！
某人發了一篇Don’t use MongoDB的血淚控訴，我把原文翻譯如下，你可以看看。不過，我想我們還要去看看10gen CTO的對此事的回復，我們還要去在Reddit上看看大家的說法，10gen ...
NCBI SRA數據庫使用詳解
轉：https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下載SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15 ...
NCBI SRA數據如何進行md5校驗？
下了一些sra數據庫中的公共數據，因為pretech和aspera不穩定，稍微大點的文件經常傳斷，部分文件我只能通過本地下載再上傳。 那么問題來了，sra沒有md5校驗，我怎么知道我數據的完整性，尤其是通過本地下載的那些數據？ 網上查了下是說，sra是自帶md5校驗的（The SRA ...
“請知悉”和“請悉知”千萬別用錯地方
，長篇大論一番后，后面會加上一個請知悉，那是處於禮貌。你可千萬別照搬照抄。無論給誰匯報或者寫郵件在落款處寫 ...