pysam - 多種格式基因組數據（sam/bam/vcf/bcf/cram/…）讀寫與處理模塊（python）
在開發基因組相關流程或工具時，經常需要讀取、處理和創建bam、vcf、bcf文件。目前已經有一些主流的處理此類格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此類工具集成的大多是標准功能，在編程時如果直接調用的話往往顯得不夠靈活。 本文介紹的是一個處理 ...
原文：基因組與Python --PyVCF 好用的vcf文件處理器
vcf文件的全稱是variant call file，即突變識別文件，它是基因組工作流程中產生的一種文件，保存的是基因組上的突變信息。通過對vcf文件進行分析，可以得到個體的變異信息。嗯，總之，這是很重要的文件，所以怎么處理它也顯得十分重要。它的文件信息如下： 文件的開頭是一堆以 開始的注釋行，包含了文件的基本信息。然后是以 開頭的一行，共 n個部分，前九部分標注的是后面行每部分代表的信息，相當於 ...
2018-06-20 15:36 0 940 推薦指數：
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