edgeR的使用
edgeR包是進行RNA-seq數據分析非常常用的一個R包。該包需要輸入每個基因關於每個樣本的reads數的數據，每行對應一個基因，每一列對應一個樣本。 安裝edgeR 先啟動R，然后運行下面代碼：if (!requireNamespace("BiocManager", quietly ...
原文：edgeR 包的使用
edgeR包是進行RNA seq數據分析非常常用的一個R包。該包需要輸入每個基因關於每個樣本的reads數的數據，每行對應一個基因，每一列對應一個樣本。建議使用htseq count進行統計，輸出文件即可直接使用。如果需要算RPKM，需要自己統計基因長度信息。 第一步：構建 DGEList類變量 edgeR的大多數操作都是對 DGEList類型變量進行，所以第一步必須構建該類型變量，使用函數：D ...
2018-06-18 10:39 0 2507 推薦指數：
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