前面我們已經學習了單細胞轉錄組分析的:使用Cell Ranger得到表達矩陣和doublet檢測,今天我們開始Seurat標准流程的學習。這一部分的內容,網上有很多帖子,基本上都是把Seurat官網PBMC的例子重復一遍,這回我換一個數據集,細胞類型更多,同時也會加入一些實際分析中很有用的技巧 ...
Seurat是一個老牌的單細胞分析工具了 satija的力作 ,我之前測試過,但是沒怎么用。 最近發現這個工具又publish在了NBT上,所以很有必要看一下這篇文章。 Integrating single cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species 主要目的:identifying ...
2018-06-04 11:09 0 2724 推薦指數:
前面我們已經學習了單細胞轉錄組分析的:使用Cell Ranger得到表達矩陣和doublet檢測,今天我們開始Seurat標准流程的學習。這一部分的內容,網上有很多帖子,基本上都是把Seurat官網PBMC的例子重復一遍,這回我換一個數據集,細胞類型更多,同時也會加入一些實際分析中很有用的技巧 ...
最近Cell Systems雜志發表了一篇針對現有幾種檢測單細胞測序doublet的工具的評估文章,系統比較了常見的例如Scrublet、DoubletFinder等工具在檢測准確性、計算效率等方面的優劣,以及比較了使用不同方法去除doublet后對下游DE分析、軌跡分析的影響。 現有的檢測 ...
如果讀過一些單細胞的文獻,應該會經常看到一群名為"cycling cell"的亞群,T細胞、B細胞、上皮細胞等等在分亞群的時候,都可能碰到。實際上,這群細胞只是因為高表達一些與細胞周期相關的基因,才會被單獨聚成一群,里面可能包含多種細胞亞群的混合,只要它們處於細胞周期/增殖狀態 ...
前面已經講解了: 單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing 單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣 單細胞分析實錄(3): Cell Hashing數據拆分 單細胞分析實錄(4): doublet檢測 單細胞分析實錄(5): Seurat標准流程 單細胞 ...
這是一個新系列 差不多是一年以前,我定導后沒多久,接手了讀研后的第一個課題。合作方是醫院,和我對接的是一名博一的醫學生,最開始兩邊的老師很排斥常規的單細胞文章思路,即各大類細胞分群、注釋、描述,所以起初的幾個月都在摸索一條主線,再后來有主線了,要加實驗驗證,周期有點長。我這邊的分析基本做完 ...
什么是CNV? copy number variation (CNV) A copy number variation (CNV) is when the number of copies of ...
本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization ...