原文:GWAS | 原理和流程 | 全基因組關聯分析 | Linkage disequilibrium (LD)連鎖不平衡 | 曼哈頓圖 Manhattan_plot | QQ plot

GWAS入門必看教程:Statistical analysis of genome wide association GWAS data 名詞解釋和基本問題: 關聯分析:就是AS的中文,全稱是GWAS。應用基因組中數以百萬計的單核苷酸多態 SNP為分子遺傳標記,進行全基因組水平上的對照分析或相關性分析,通過比較發現影響復雜性狀的基因變異的一種新策略。在全基因組范圍內選擇遺傳變異進行基因分析,比較異 ...

2018-05-09 13:18 0 44064 推薦指數:

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基因組關聯分析GWAS):為何我的QQ那么飄

前段時間有位小可愛問我,為什么她的QQ特別飄,如果你不理解怎樣算飄,請看下圖: 理想的QQ應該是這樣的: 我當時的第一反應是:1)群體分層造成的;2)表型分布有問題。因此讓她檢查一下數據的群體分層情況,如果沒有問題就看一下表型分布。 這段時間有空了,我覺得有必要梳理一下這個飄逸 ...

Sun Jun 30 03:54:00 CST 2019 0 1568
基因組關聯分析GWAS)的計算原理

前言 關於基因組關聯分析GWAS原理的資料,網上有很多。 這也是我寫了這么多GWAS的軟件教程,卻從來沒有寫過GWAS計算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可愛提問能否寫一下GWAS的計算原理。我一順口就答應了。 后面一直很懶,不願意動筆,但想着既然答應了,不寫說不過去。 我寫 ...

Wed Oct 23 02:49:00 CST 2019 0 1269
GWAS基因組關聯分析

出處:bilibili 關聯分析(Association):在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
基因組關聯分析 (GWAS) - 簡介

基因組關聯分析 (GWAS) - 簡介 在碩士就讀期間,就已經做過 GWAS 相關的分析。當時標記量非常少, windows 系統分析就足夠了,作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來,隨着高通量測序成本的降低,標記數量越來越多,不得不進入 linux 和 腳本操作的時代 ...

Sat Mar 05 01:33:00 CST 2022 0 2302
一行命令學會基因組關聯分析(GWAS)的meta分析

為什么需要做meta分析 群體分層是GWAS研究中一個比較常見的假陽性來源. 也就是說,如果數據存在群體分層,卻不加以控制,那么很容易得到一堆假陽性位點。 當群體出現分層時,常規手段就是將分層的群體獨立分析,最后再做meta分析。 1.如何判斷群體是否分層 先用plink計算PCA ...

Fri May 24 00:09:00 CST 2019 0 1472
 
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