原文:轉錄組數據庫介紹

一 nt和nr數據庫 nt庫和nr庫大家都比較熟悉,一個核酸庫,一個蛋白庫,兩者既可以通過NCBI進行在線BLAST,也可以在ftp: ftp.ncbi.nih.gov blast db地址中將如下文件下載后,進行 本地BLAST。在此還是簡單說明一下在線比對方法: 打開https: blast.ncbi.nlm.nih.gov Blast.cgi,根據下表選擇合適的程序 圖表來自網絡 然后可以直 ...

2018-04-07 22:23 0 2638 推薦指數:

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轉錄數據分析思路

轉錄緊緊圍繞基因表達量和功能分析兩部分,結合生物學問題來進行數據分析。 高表達基因已經研究比較透徹,應該更多關注中低表達基因。 層次聚類的妙用: -- 全部基因——>(差異分析)——>根據趨勢挑選部分特異性基因——>功能分析; -- 功能大類聚類——> ...

Sun Jul 19 19:45:00 CST 2020 0 2013
轉錄(三):了解fastq測序數據

通過fastq-dump將sra文件轉換為fastq格式 fastq-dump用法 默認情況下fastq-dump不對reads進行拆分, 對於很早之前的單端測序沒有出現問題.但是對於雙端測序 ...

Sun Aug 09 21:00:00 CST 2020 0 996
數據庫介紹

目錄 一:數據庫演變史 1.什么是數據庫? 2.數據庫的作用 二:數據庫的演變方向 1.文件操作階段(保存數據(讀寫方式)) 2.軟件開發目錄 ...

Tue Jan 25 01:52:00 CST 2022 0 711
Cistrome數據庫挖掘轉錄因子靶基因 | TF | target

進入http://cistrome.org/db/#/數據庫 輸入你感興趣的轉錄因子,比如HDAC1 選擇物種,以及你感興趣的cell type 點擊可以查詢”check a putative target“ 也可以下載全部的”Putative Target ...

Thu Apr 01 04:26:00 CST 2021 0 260
(史上最全)SNP位點與轉錄因子結合特異性數據庫:GVATdb

眾所周知,全基因關聯分析(GWAS)發現的很多變異位點基本為非編碼,這些變異位點1)要么調控基因表達(eQTL); 2)要么影響增強子活性; 3)要么影響轉錄因子(TF)結合特異性; 4)要么啥也不是。 針對以上四種情況: 1)是否調控基因表達(eQTL)可通過GTEx(https ...

Sat Feb 06 04:53:00 CST 2021 0 550
表觀 | Enhancer | ChIP-seq | 轉錄因子 | 數據庫專題

需要長期更新! 參考:生信修煉手冊 enhancer的基本概念: 長度幾十到幾千bp,作用是提高靶基因活性,屬於順式作用原件,DNA作用到DNA,轉錄因子就是反式,是結合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji發現SV40中某個140bp的序列可以顯著提高血紅蛋白融合基因的表達 ...

Thu May 23 08:11:00 CST 2019 0 1817
轉錄入門】2:讀文章得到測試數據

作業要求: 本流程學習的文章是:AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034 數據地址 ...

Mon Jun 11 22:25:00 CST 2018 0 1160
轉錄入門(3):了解fastq測序數據

sra文件轉換為fastq格式 fastq-dump -h --split-3 也就是說如果SRA文件中只有一個文件,那么這個參數就會被忽略。如果原文件中 ...

Tue Aug 08 08:37:00 CST 2017 0 3962
 
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