原文:單細胞數據初步處理 | drop-seq | QC | 質控 | 正則化 normalization

比對 The raw Drop seq data was processed withthe standard pipeline Drop seq tools version . from McCarroll laboratory .Reads were aligned to the ENSEMBL release Mus musculus genome. xGenomics data was p ...

2018-04-07 14:27 0 3059 推薦指數:

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單細胞測序之質控分析(QC 質量控制)

單細胞測序之質控分析(QC)為什么要做質控?在細胞分離過程中的細胞損傷或者文庫制備的失敗(無效的逆轉錄或者PCR擴增失敗),往往會引入一些低質量的數據。這些低質量的數據的主要特點是(以下一行表示一個基因,一列表示一個細胞): 細胞整體上的counts值少(從列的角度看,一列數據的總和偏小 ...

Sat Jun 26 03:31:00 CST 2021 0 523
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...

Tue May 26 21:44:00 CST 2020 0 1220
scRNA-seq單細胞測序數據分析工具匯總

本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization ...

Thu Jul 13 02:13:00 CST 2017 0 6366
單細胞 RNA-seq 10X Genomics

單細胞流程跑了不少,但依舊看不懂結果,是該好好補補了。 有些人可能會誤會,覺得單細胞的RNA-seq數據很好分析,跟分析常規的RNA-seq應該沒什么區別。今天的這篇文章2015年3月發表在Nature Genetics Review上,專門說明了一下單細胞RNA測序數據數據分析和計算 ...

Sat May 27 00:06:00 CST 2017 0 13409
 
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