單細胞測序之質控分析(QC)為什么要做質控?在細胞分離過程中的細胞損傷或者文庫制備的失敗(無效的逆轉錄或者PCR擴增失敗),往往會引入一些低質量的數據。這些低質量的數據的主要特點是(以下一行表示一個基因,一列表示一個細胞): 細胞整體上的counts值少(從列的角度看,一列數據的總和偏小 ...
比對 The raw Drop seq data was processed withthe standard pipeline Drop seq tools version . from McCarroll laboratory .Reads were aligned to the ENSEMBL release Mus musculus genome. xGenomics data was p ...
2018-04-07 14:27 0 3059 推薦指數:
單細胞測序之質控分析(QC)為什么要做質控?在細胞分離過程中的細胞損傷或者文庫制備的失敗(無效的逆轉錄或者PCR擴增失敗),往往會引入一些低質量的數據。這些低質量的數據的主要特點是(以下一行表示一個基因,一列表示一個細胞): 細胞整體上的counts值少(從列的角度看,一列數據的總和偏小 ...
SCTransform Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression ChristophH ...
背景:數據挖掘/機器學習中的術語較多,而且我的知識有限。之前一直疑惑正則這個概念。所以寫了篇博文梳理下 摘要: 1.正則化(Regularization) 1.1 正則化的目的 1.2 結構風險最小化(SRM)理論 1.3 L1范數(lasso),L2范數 ...
SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...
本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization ...
個人的一些碎碎念: 聚類,直覺就能想到kmeans聚類,另外還有一個hierarchical clustering,但是單細胞里面都用得不多,為什么?印象中只有一個scoring model是用kmean進行粗聚類。(10x就是先做PCA,再用kmeans聚類的) 鑒於單細胞的教程很多,也有 ...
單細胞流程跑了不少,但依舊看不懂結果,是該好好補補了。 有些人可能會誤會,覺得單細胞的RNA-seq數據很好分析,跟分析常規的RNA-seq應該沒什么區別。今天的這篇文章2015年3月發表在Nature Genetics Review上,專門說明了一下單細胞RNA測序數據在數據分析和計算 ...