原文:Hisat2 bowtie2比對結果解讀(Hisat2 Alignment summary)

RNA seq數據的比對結果怎么解讀 網上有很多人問,這里做一個大致的總結。 Hisat 和bowtie 比對后產生的Alignment summary的格式是一樣的,如下: Alignment summary When HISAT finishes running, it prints messages summarizing what happened. These messages are ...

2018-03-10 17:34 0 6401 推薦指數:

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HISAT2 下載和使用

HISAT2官網https://daehwankimlab.github.io/hisat2/ HISAT2 下載 https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/ Binaries Version: HISAT2 2.2.1 ...

Fri Jun 11 05:34:00 CST 2021 0 1641
RNA-Seq基因組比對工具HISAT2

原文網址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼任者,使用改進的BWT算法,實現了更快的速度和更少的資源占用,作者推薦TopHat2/Bowti2和HISAT的用戶轉換到HISAT2。官網:https ...

Thu Jul 19 23:07:00 CST 2018 0 1289
HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據

HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據 本文總閱讀量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據思路如下: 數據質控 將RNA-seq的測序reads使用hisat2比對 samtools ...

Sat Nov 10 05:46:00 CST 2018 0 1422
bowtie2 Linux安裝

目前最新版本為2.3.2,網址為:https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.2 安裝分為簡單的下載可執行文件和源編譯安裝。 如上圖所示,bowtie2-2.3.2-source.zip為源代碼,需要用 ...

Fri Jun 16 17:40:00 CST 2017 0 3996
Bowtie2的安裝與使用

Bowtie2的安裝與使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用來快速比對短reads(50-100bp)與參考基因組,與常規的比對軟件不同的是(如blast),Bowtie比對比較短的reads(less ...

Sat Nov 10 06:19:00 CST 2018 0 4865
bowtiebowtie2使用條件區別及用法

轉載自:https://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一、轉錄組還是基因組? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。這個問題又會被分成兩個問題,是基因組測序 ...

Wed Jun 10 18:16:00 CST 2020 0 783
 
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