生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...
生物信息學原理作業第四彈:DNA序列組裝 貪婪算法 原理:生物信息學 孫嘯 大致思想: . 找到權值最大的邊 . 除去以最大權值邊的起始頂點為起始頂點的邊 . 除去以最大權值邊為終點為終點的邊 . 重復上述步驟,得到所有符合條件的邊 . 拼接得到的邊 . 加入孤立點 如果有 。 附上Python代碼,如果有問題我會及時更正 確實不太熟算法 DNA序列組裝 貪婪算法 轉載請保留出處 ...
2017-12-04 21:33 4 1428 推薦指數:
生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...
一、問題描述 該問題在算法導論中引申自求解兩個DNA序列相似度的問題。 可以從很多角度定義兩個DNA序列的相似度,其中有一種定義方法就是通過序列對齊的方式來定義其相似度。 給定兩個DNA序列A和B,對齊的方式是將空格分別插入到A和B序列中,得到具有相同長度的對齊后的序列C和D;空格可以插入 ...
算法:貪婪算法基礎 理解貪心算法 說明 貪心算法是使所做的選擇看起來都是當前最佳的,期望通過所做的局部最優選擇來產生一個全局最優解。 設計貪心算法的步驟 1.將優化問題轉換成這樣一個問題,即先做出選擇,再解決剩下的一個子問題。 2.證明原問題總是有一個最優解是貪心選擇的得到 ...
BWT算法,實質上是前綴樹的一種實現。那么什么是前綴樹呢? 一、前綴樹 對於問題p in S?如果S=rpq,那么p為S前綴rp的一個后綴。 於是,為了判斷p in S 是否成立,我們找到S的所有前綴,然后逐一判斷p是不是它們的后綴。為了加快效率,我們將所有的前綴建成一顆樹,這棵樹便是 ...
一開始題意理解錯了,做了很久,有點費勁 https://vjudge.net/problem/UVA-1368 ...
回顧 還記的貪婪算法么? 如果你不記得了, 看了下面這個例子你一定會想起來, 因為這個例子太普遍了, 幾乎每個將貪婪算法的地方, 第一個例子都是它, 言歸正傳. 問題: 現在有如下課程表, 要將這些課盡可能多的安排在教室A內. 課程名 開始時間 結束時 ...
Greedy Algorithm 《數據結構與算法——C語言描述》 圖論涉及的三個貪婪算法 Dijkstra 算法 Prim 算法 Kruskal 算法 Greedy 經典問題:coin change 在每一個階段,可以認為所作決定是好的,而不考慮將來的后果 ...
''' 貪婪算法: 每步都采取最優的做法,即每步都選擇局部最優解,最終得到的就是全局最優解。 ''' ''' 假設你辦了個廣播節目,要讓全美50個州的聽眾都收聽得到。為此你需要決定在哪些廣播台播出。 在每個廣播台播出都需要支付費用,因此你力圖在盡可能少的廣播台播出。 使用貪婪算法 ...