生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...
生物信息原理作業第三彈:DNA序列局部比對,利用Smith Waterman算法,python . 代碼實現。 實例以及原理均來自https: en.wikipedia.org wiki Smith E Waterman algorithm。 DNA序列局部比對 轉載請保留出處 感覺我的得分矩陣寫成Excel不必要,等我熟悉一下Numpy和Python命令行之后會修改的。 ...
2017-11-30 18:15 2 3366 推薦指數:
生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...
BWT算法,實質上是前綴樹的一種實現。那么什么是前綴樹呢? 一、前綴樹 對於問題p in S?如果S=rpq,那么p為S前綴rp的一個后綴。 於是,為了判斷p in S 是否成立,我們找到S ...
文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對(或多序列聯配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多條(3 條或以上)有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對,盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...
一、問題描述 該問題在算法導論中引申自求解兩個DNA序列相似度的問題。 可以從很多角度定義兩個DNA序列的相似度,其中有一種定義方法就是通過序列對齊的方式來定義其相似度。 給定兩個DNA序列A和B,對齊的方式是將空格分別插入到A和B序列中,得到具有相同長度的對齊后的序列C和D;空格可以插入 ...
生物信息學原理作業第四彈:DNA序列組裝(貪婪算法) 原理:生物信息學(孫嘯) 大致思想: 1. 找到權值最大的邊; 2. 除去以最大權值邊的起始頂點為起始頂點的邊; 3. 除去以最大權值邊為終點為終點的邊; 4. 重復上述步驟,得到所有 ...
Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...
用blastall進行序列比對 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常強大,其下面有非常多的參數,但是一般使用的參數如:-p、-i、-d、-o、-e等幾個。 -p: 執行的程序名稱 -d: 搜索的數據庫名稱 -i : 要查詢的序列文件名(Query File ...
目錄 目標物種和序列 相關Seq列表 多序列比對的原理和方法 相關的工具 建樹的幾種方法 實際操作 Muscle&ClustalW 可視化 ...