原文:DNA序列局部比對(Smith–Waterman algorithm)

生物信息原理作業第三彈:DNA序列局部比對,利用Smith Waterman算法,python . 代碼實現。 實例以及原理均來自https: en.wikipedia.org wiki Smith E Waterman algorithm。 DNA序列局部比對 轉載請保留出處 感覺我的得分矩陣寫成Excel不必要,等我熟悉一下Numpy和Python命令行之后會修改的。 ...

2017-11-30 18:15 2 3366 推薦指數:

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利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對

生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
DNA比對算法:BWT

BWT算法,實質上是前綴樹的一種實現。那么什么是前綴樹呢? 一、前綴樹 對於問題p in S?如果S=rpq,那么p為S前綴rp的一個后綴。 於是,為了判斷p in S 是否成立,我們找到S ...

Tue May 16 03:28:00 CST 2017 2 5981
序列比對

文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對(或多序列聯配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多條(3 條或以上)有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對,盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...

Sun Jul 16 05:43:00 CST 2017 0 1903
DNA序列對齊問題

一、問題描述 該問題在算法導論中引申自求解兩個DNA序列相似度的問題。 可以從很多角度定義兩個DNA序列的相似度,其中有一種定義方法就是通過序列對齊的方式來定義其相似度。 給定兩個DNA序列A和B,對齊的方式是將空格分別插入到A和B序列中,得到具有相同長度的對齊后的序列C和D;空格可以插入 ...

Mon Nov 13 04:45:00 CST 2017 2 2262
DNA序列組裝(貪婪算法)

生物信息學原理作業第四彈:DNA序列組裝(貪婪算法) 原理:生物信息學(孫嘯) 大致思想:       1. 找到權值最大的邊;       2. 除去以最大權值邊的起始頂點為起始頂點的邊;       3. 除去以最大權值邊為終點為終點的邊;       4. 重復上述步驟,得到所有 ...

Tue Dec 05 05:33:00 CST 2017 4 1428
Mega-序列比對

Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...

Thu Mar 05 21:09:00 CST 2020 0 2365
用blastall進行序列比對

用blastall進行序列比對 blastall是最常用的blast程序之一,其功能非常強大,其下面有非常多的參數,但是一般使用的參數如:-p、-i、-d、-o、-e等幾個。 -p: 執行的程序名稱 -d: 搜索的數據庫名稱 -i : 要查詢的序列文件名(Query File ...

Fri Mar 06 18:38:00 CST 2020 0 698
序列比對&建樹

目錄 目標物種和序列 相關Seq列表 多序列比對的原理和方法 相關的工具 建樹的幾種方法 實際操作 Muscle&ClustalW 可視化 ...

Mon Apr 06 09:05:00 CST 2020 0 669
 
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