原文:DNA序列對齊問題

一 問題描述 該問題在算法導論中引申自求解兩個DNA序列相似度的問題。 可以從很多角度定義兩個DNA序列的相似度,其中有一種定義方法就是通過序列對齊的方式來定義其相似度。 給定兩個DNA序列A和B,對齊的方式是將空格分別插入到A和B序列中,得到具有相同長度的對齊后的序列C和D 空格可以插入到任意的位置 包括兩端 ,但是相同位置不能同時為空格,也即是不存在C i 和D i 同時為空格的情況。然后為對 ...

2017-11-12 20:45 2 2262 推薦指數:

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Tue Dec 05 05:33:00 CST 2017 4 1428
DNA序列局部比對(Smith–Waterman algorithm)

生物信息原理作業第三彈:DNA序列局部比對,利用Smith–Waterman算法,python3.6代碼實現。 實例以及原理均來自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比對 轉載請保留 ...

Fri Dec 01 02:15:00 CST 2017 2 3366
利用python求一段DNA序列的互補序列

代碼如下: 這是將從一個txt文件中導入序列,然后將互補后的結果輸出到另外一個文件中。 如果一個段序列不長,直接中python交互式界面完成感覺更方便 先定義的一個字典: complement = {'C': 'G', 'G': 'C', 'T ...

Wed Jan 11 20:42:00 CST 2017 0 2648
關於n對鹼基的DNA種類數問題

關於n對鹼基的DNA種類數問題 UPDATE 2020-2-29 經過一些同學的疑問后,我對此條目也發生了一些懷疑。 這種算法是基於,“ 兩條鏈只是互相反向,但是不能區分 ” 這個觀點來算的。 但是實際情況往往有很多可以區分的方法,比如有義鏈,着絲點等等,所以近似 \(4^n ...

Sat Feb 29 10:46:00 CST 2020 3 695
利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對

生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
 
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