原文:Needleman-Wunsch算法Python代碼實現

Needleman Wunsch算法是基於動態規划算法的序列比對算法。 生信課上學的算法,課下閑來無事,用Python實現一下。 ...

2017-10-16 17:56 0 1749 推薦指數:

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Global Alignment(全局比對)--從算法Needleman-Wunsch)到python實現

很早就知道有全局比對和局部比對這兩種比對方法,都是用到的動態規划的思想,知道一些罰分矩陣的概念,但一直都沒有機會搞透徹,一些算法的細節也不太清楚,也沒有親手編程實現。 現在由於項目需求,需要手動寫一個簡單的全局和局部比對的程序,同時得知團隊里有個大牛早就用Perl實現了,看了一下他的代碼也才 ...

Thu Nov 10 20:45:00 CST 2016 0 3709
文本比較算法Needleman/Wunsch算法

本文介紹基於最長公共子序列的文本比較算法——Needleman/Wunsch算法。還是以實例說明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他們的最長公共子序列為ittn(注:最長公共子序列不需要連續出現,但一定是出現的順序一致),最長公共子序列長度為4。 和LD算法 ...

Tue Sep 16 01:05:00 CST 2014 0 3277
利用NeedlemanWunsch算法進行DNA序列全局比對

生物信息學原理作業第二彈:利用NeedlemanWunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用NeedlemanWunsch算法進行DNA序列全局 ...

Mon Nov 27 21:32:00 CST 2017 1 4261
字符串與模式匹配算法(六):NeedlemanWunsch算法

一、Needleman-Wunsch 算法   尼德曼-翁施算法(英語:Needleman-Wunsch Algorithm)是基於生物信息學的知識來匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。這是將動態算法應用於生物序列的比較的最早期的幾個實例之一。該算法是由 Saul B. Needlman ...

Wed Nov 20 06:52:00 CST 2019 0 347
CatBoost算法和GPU測試(python代碼實現

python風控建模實戰lendingClub(博主錄制,catboost,lightgbm建模,2K超清分辨率) https://study.163.com/course/courseMain.htm?courseId=1005988013&share=2&shareId ...

Sun Jul 01 21:28:00 CST 2018 0 6637
逆波蘭算法-python代碼實現

1,逆波蘭算法簡介 假定給定一個只 包含 加、減、乘、除,和括號的算術表達式,你怎么編寫程序計算出其結果? 問題是:在表達式中,括號,以及括號的多層嵌套 的使用,運算符的優先級不同等因素,使得一個算術表達式在計算時,運算順序往往因表達式的內容而定,不具規律性。 這樣很難編寫出統一的計算指令 ...

Wed Oct 28 00:39:00 CST 2020 0 388
KNN分類算法python代碼實現

KNN分類算法(先驗數據中就有類別之分,未知的數據會被歸類為之前類別中的某一類!) 1、KNN介紹 K最近鄰(k-Nearest Neighbor,KNN)分類算法是最簡單的機器學習算法。 機器學習,算法本身不是最難的,最難的是: 1、數學建模:把業務中的特性抽象成向量的過程; 2、選取 ...

Tue Jul 11 23:58:00 CST 2017 2 26098
 
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