該軟件對於處理FASTA/Q十分方便，省去自己編寫腳本 安裝 使用 序列操作（seq） Fasta/q之間以及與tab格式互換 序列信息統計 ...

一、序列操作： 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互補序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互補序列 seqkit seq test.fa -r -p > ...

有時候需要個性化處理原始序列，自己寫python腳本太慢，且速度太慢，可以用seqkit這個工具，開發得不錯。 2021年12月02日 另一個需求：需要從Cell Ranger處理后的bam文件里提取出未比對的reads，然后再去比對到YFP序列上，確定每個細胞是否被YFP標記 ...

samtools faidx 能夠對fasta 序列建立一個后綴為.fai 的文件，根據這個.fai 文件和原始的fastsa文件， 能夠快速的提取任意區域的序列 用法： samtools faidx input.fa 該命令對輸入的fasta序列有一定要求：對於每條序列，除了最后一行 ...

...

1.統計大於號開始的行數或seqkit 工具 Total sequence length 5,759,798,599 Total ungapped length 5,759,798,599 Number of contigs 1,397,492 Contig N50 9,587 Contig ...

同樣的名為read_1.fa 的fasta文件，里面有若干序列，如： > ...

利用python腳本，提取指定ID名稱的序列 ...