擴增子分析解讀4去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表
本節課程，需要先完成 擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並 2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 3格式轉換 去冗余 聚類 先看一下擴增子分析的整體流程，從下向上逐層分析 分析前准備 ...
原文：擴增子分析解讀5物種注釋 OTU表操作
本節課程，需要先完成 擴增子分析解讀 系列之前的操作 質控 實驗設計 雙端序列合並 提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 格式轉換 去冗余 聚類 去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准備 進入工作目錄 cd example PE 上一節回顧：我們學習了嵌合體的形成，以及基於參考數據庫去嵌合體 也學習了基於數據庫比對來篩選細菌或真菌 最后基於最確定的OTU，我們生成代 ...
2017-08-23 21:31 0 2740 推薦指數：
相關推薦
擴增子圖表解讀3熱圖：差異菌、OTU及功能
熱圖是使用顏色來展示數值矩陣的圖形。通常還會結合行、列的聚類分析，以表達實驗數據多方面的結果。 熱圖在生物學領域應用廣泛，尤其在高通量測序的結果展示中很流行，如樣品-基因表達，樣品-OTU相對豐度矩陣非常適合采用熱圖呈現。 熱圖優點 ...
擴增子圖表解讀5火山圖：差異OTU的數量及變化規律
火山圖 Volcano plot 在統計學上，火山圖是一種類型的散點圖，被用於在大數據中快速鑒定變化。由於它的形成像火山噴發的樣子，所以被稱為火山圖。和上文講的曼哈頓圖類 ...
擴增子圖表解讀6韋恩圖：比較組間共有和特有OTU或分類單元
工具，使用方便。 詳見“輕松繪制各種Venn圖” 韋恩圖在擴增子中 ...
擴增子圖表解讀8網絡圖：節點OTU或類Venn比較
網絡圖 Network 網絡圖雖然給人高大上的感覺，但是由於信息太多，無法給讀者提供讀有效的可讀信息或是讀者不知道該理解什么，總是讓人望爾卻步。那是因為大家太不了解網絡，自己讀不懂網絡想表達的意思及其重要性。 因此我要舉一個網絡分析重要 ...
擴增子分析解讀2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物
本節課程，需要完成 擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並 先看一下擴增子分析的整體流程，從下向上逐層分析 分析前准備 # 進入工作目錄 cd example_PE250 上一節回顧：我們拿到了雙端數據，進行了質控、並對實驗設計 ...
擴增子分析解讀3格式轉換 去冗余 聚類
本節課程，需要完成擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並和2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 先看一下擴增子分析的整體流程，從下向上逐層分析 分析前准備 # 進入工作目錄 cd example_PE250 上一節回顧：我們提取 ...
擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並
本文采用目前最主流的擴增子測序數據類型HiSeq2500 PE250類型數據為例，結合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本課程中所需的測序數據、實驗設計和課程分析生成的中間文件，均可以直去百度雲下載。鏈接：http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密碼 ...