擴增子分析解讀5物種注釋 OTU表操作
本節課程，需要先完成《擴增子分析解讀》系列之前的操作 1質控 實驗設計 雙端序列合並 2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 3格式轉換 去冗余 聚類 4去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准備 ...
原文：擴增子分析解讀3格式轉換 去冗余 聚類
本節課程，需要完成擴增子分析解讀 質控 實驗設計 雙端序列合並和 提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 先看一下擴增子分析的整體流程，從下向上逐層分析 分析前准備 進入工作目錄 cd example PE 上一節回顧：我們提取barcode，質控及樣品拆分，切除擴增引物，經歷了兩節課 步數據處理才拿到我們擴增的高質量目的片段 貌似基因組 RNA Seq測序結果直接就是這個階段了，可以直 ...
2017-08-21 19:35 0 1203 推薦指數：
相關推薦
擴增子分析解讀2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物
本節課程，需要完成 擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並 先看一下擴增子分析的整體流程，從下向上逐層分析 分析前准備 # 進入工作目錄 cd example_PE250 上一節回顧：我們拿到了雙端數據，進行了質控、並對實驗設計 ...
擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並
本文采用目前最主流的擴增子測序數據類型HiSeq2500 PE250類型數據為例，結合目前主流方法QIIME+USearch定制的分析流程。本課程中所需的測序數據、實驗設計和課程分析生成的中間文件，均可以直去百度雲下載。鏈接：http://pan.baidu.com/s/1hs1PXcw 密碼 ...
擴增子圖片解讀7三元圖
三元圖/三元相圖 Ternary Plot 三元圖有6種英文叫法，其中ternary plot最為常用。三元圖是重心圖的一種，它有三個變量，但需要三者總和為恆定值。在一個 ...
擴增子分析QIIME2-1簡介和安裝
QIIME2是微生物組分析流程QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升級版)，采用python3全新編寫，並於2018年1月全面接檔QIIME，是代表末來的分析方法標准(大牛們制定方法標准，我們跟着用就好了)。 安裝 安裝方法比較簡單，參照官網：https ...
擴增子分析解讀4去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表
本節課程，需要先完成 擴增子分析解讀1質控 實驗設計 雙端序列合並 2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 3格式轉換 去冗余 聚類 先看一下擴增子分析的整體流程，從下向上逐層分析 分析前准備 ...
擴增子分析QIIME2-2數據導入Importing data
# 激活工作環境 source activate qiime2-2017.8 # 建立工作目錄 mkdir -p qiime2-importing-tutorial cd qiime2-imp ...
擴增子圖表解讀3熱圖：差異菌、OTU及功能
熱圖是使用顏色來展示數值矩陣的圖形。通常還會結合行、列的聚類分析，以表達實驗數據多方面的結果。 熱圖在生物學領域應用廣泛，尤其在高通量測序的結果展示中很流行，如樣品-基因表達，樣品-OTU相對豐度矩陣非常適合采用熱圖呈現。 熱圖優點 ...