1、prefetch SRRxxxxxx ~/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下載方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA數據庫 SRA數據 ...
很多時候我們需要從GEO https: www.ncbi.nlm.nih.gov geo 下載RNA seq數據,一個典型的下載頁面是https: www.ncbi.nlm.nih.gov geo query acc.cgi acc GSE 搜 GSE 。 這里你會看到數據的總覽: 現在我們已經從ftp上下載了該文章的所有sra數據。 里面每一個文件夾里對應一個或多個sra文件。 比對,SRR . ...
2017-08-15 16:45 0 11105 推薦指數:
1、prefetch SRRxxxxxx ~/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下載方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA數據庫 SRA數據 ...
GEO數據庫 GEO數據庫隸屬於NCBI,是最大最全面的基因表達數據庫,主要是芯片和轉錄組測序數據。除儲存數據外,也提供一些數據挖掘工具,因此利用好這個數據庫,沒有實驗,沒有自己的數據也能發好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ...
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
1.新建文件,命令為prefetch_bash.sh (感覺命名簡單粗暴啊) vi prefetch_bash.sh 2.在新建的文件下添加一下內容 #!/bin/bash for id in $(seq 1 5) #記住該語法 do prefetch SRR ...
今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接,網上查發現都是老的方法,NCBI頁面已經變更,於是看了NCBI的help,並且記錄下來新版的sra數據下載方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄,總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中斷不能繼續 ...
從GEO數據庫下載數據的方法 1、在GEO DATASETS中輸入關鍵詞,選擇符合的GSE,在ftp中進行 手動下載 2、找到符合的GSE,在R中使用 GEOquery 包進行下載 GEO數據庫的數據種類 1、Platforms 平台 包含有芯片的探針信息,如cDNAs,寡核苷酸 ...
1)介紹 我們用SRAdb library來對SRA數據進行處理。 SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通過 NCBI SRA數據 ...
一、官方下載工具Sratoolkit安裝 推薦使用conda直接安裝,避免配置環境的麻煩,但sratoolkit在conda鏡像中的包名為sra-tools 二、SRA文件下載地址獲取 1.NCBI GEO數據庫下載地址 2.輸入 ...