原文:GEO數據下載分析(SRA、SRR、GEM、SRX、SAMN、SRS、SRP、PRJNA全面解析)

很多時候我們需要從GEO https: www.ncbi.nlm.nih.gov geo 下載RNA seq數據,一個典型的下載頁面是https: www.ncbi.nlm.nih.gov geo query acc.cgi acc GSE 搜 GSE 。 這里你會看到數據的總覽: 現在我們已經從ftp上下載了該文章的所有sra數據。 里面每一個文件夾里對應一個或多個sra文件。 比對,SRR . ...

2017-08-15 16:45 0 11105 推薦指數:

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GEO/SRA數據

GEO數據GEO數據庫隸屬於NCBI,是最大最全面的基因表達數據庫,主要是芯片和轉錄組測序數據。除儲存數據外,也提供一些數據挖掘工具,因此利用好這個數據庫,沒有實驗,沒有自己的數據也能發好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ...

Wed Sep 06 21:51:00 CST 2017 0 2293
NCBI下載SRA數據

從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...

Tue Feb 27 00:42:00 CST 2018 0 6223
小白-批量下載SRR數據

1.新建文件,命令為prefetch_bash.sh (感覺命名簡單粗暴啊) vi prefetch_bash.sh 2.在新建的文件下添加一下內容 #!/bin/bash for id in $(seq 1 5) #記住該語法 do   prefetch SRR ...

Mon Aug 28 18:24:00 CST 2017 0 1734
NCBI下載sra數據(新)

  今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接,網上查發現都是老的方法,NCBI頁面已經變更,於是看了NCBI的help,並且記錄下來新版的sra數據下載方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄,總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中斷不能繼續 ...

Mon Aug 14 18:52:00 CST 2017 0 22600
芯片數據分析步驟1 芯片數據下載-GEOGEO數據下載數據的方法

GEO數據下載數據的方法 1、在GEO DATASETS中輸入關鍵詞,選擇符合的GSE,在ftp中進行 手動下載 2、找到符合的GSE,在R中使用 GEOquery 包進行下載 GEO數據庫的數據種類 1、Platforms 平台 包含有芯片的探針信息,如cDNAs,寡核苷酸 ...

Wed Jun 30 19:57:00 CST 2021 0 317
用R包來下載sra數據

1)介紹 我們用SRAdb library來對SRA數據進行處理。 SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通過 NCBI SRA數據 ...

Sat Sep 22 01:05:00 CST 2018 0 924
3.測序SRA數據下載與轉換

一、官方下載工具Sratoolkit安裝   推薦使用conda直接安裝,避免配置環境的麻煩,但sratoolkit在conda鏡像中的包名為sra-tools 二、SRA文件下載地址獲取 1.NCBI GEO數據下載地址 2.輸入 ...

Sat Feb 19 00:54:00 CST 2022 0 1003
 
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