【轉錄組入門】5：序列比對
作業要求： 比對軟件很多，首先大家去收集一下，因為我們是帶大家入門，請統一用hisat2，並且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主頁下載index文件即可，然后把fastq格式的reads比對上去得到sam文件。 接着用samtools把它轉為bam文件，並且排序(注意N和P兩種排序區別)索引 ...
原文：轉錄組入門(5)：序列比對
任務列表 比對軟件 hisat 的用法 下載index文件 比對 排序 索引 質量控制 載入IGV，截圖幾個基因 hisat 的用法 本作業是比對到基因組，所以使用gapped or splices mapper，此流程已經更新。TopHat首次被發表已經是 年前，STAR的比對速度是TopHat的 倍，HISAT更是STAR的 . 倍。HISAT 是TopHat Bowti 的繼任者，使用改進 ...
2017-08-16 22:18 0 1159 推薦指數：
相關推薦
【轉錄組入門】6：reads計數
作業要求： 實現這個功能的軟件也很多，還是煩請大家先自己搜索幾個教程，入門請統一用htseq-count，對每個樣本都會輸出一個表達量文件。 需要用腳本合並所有的樣本為表達矩陣。參考：生信編程直播第四題：多個同樣的行列式文件合並起來 對這個表達矩陣可以自己簡單在excel或者R里面摸索，求平均值 ...
【基因組組裝評估】轉錄組比對率
做完基因組組裝后，通常要評估基因組的質量，目前可以采用二三代數據比對回基因組看比對率和coverage，BUSCO，LAI等。轉錄組數據比對率也是我們常用的方法，通常可以排除轉錄組數據是否存在問題，也方便在后續注釋中排除轉錄組數據樣本的問題。 可以用HiSAT2比對來查看比對率 ...
【轉錄組入門】7：差異基因分析
作業要求： 使用R語言，載入表達矩陣，然后設置好分組信息，統一用DEseq2進行差異分析，當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任務是得到差異分析結果，進階任務是比較多個差異 ...
【轉錄組入門】8：差異基因結果注釋
作業要求： 我們統一選擇p<0.05而且abs(logFC)大於一個與眾的基因為顯著差異表達基因集，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分析。 然后把表達矩陣和分組信息分別作出c ...
mVISTA 多序列比對葉綠體基因組
mVISTA可對2個或者多個DNA序列進行比較，可以對比對結果進行可視化。 詳情請大力戳這里 0 輸入文件說明 mVISTA 需要輸入的文件有如下幾類 必須文件 郵箱 fasta格式序列文件（或者GENBANK identifier） 上傳文件不得> 10 Mb ...
【轉錄組入門】4：參考基因組和注釋文件
作業要求： 在UCSC下載hg19參考基因組，我博客有詳細說明，從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看你感興趣的基因的結構，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作業，截圖幾個基因的IGV可視化結構！還可以下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖基因結構 ...
轉錄組入門(4)：了解參考基因組及基因注釋
任務列表 1.在UCSC下載hg19參考基因組； 2.從gencode數據庫下載基因注釋文件，並且用IGV去查看感興趣的基因的結構，比如TP53，KRAS，EGFR等等。 3.截圖幾個基因的IGV可視化結構 4.下載ENSEMBL，NCBI的gtf，也導入IGV看看，截圖 ...