NCBI下載SRA數據
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情，但是今天碰到幾個坑： 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑； 2、不知道文件在ftp的地址，不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網，直接在SRA搜索欄里： 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
原文：<二代測序> 批量下載 NCBI sra 文件
本文近期更新地址： http: blog.csdn.net tanzuozhev article details 前文 http: blog.csdn.net tanzuozhev article details 介紹了如何採用 sra toolkit 下載 sra 文件，可是假設你想下載整個項目的全部樣本。應該如何批量下載呢。以下參考biostar站點的部分回帖。做簡介。 R語言 SRAdb ...
2017-08-10 11:03 0 1460 推薦指數：
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NCBI SRA數據庫
簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院（NIH）的高通量測序數據的主要歸檔，是國際核苷酸序列數據庫協作（INSDC）的一部分，其中包括NCBI序列讀取存檔（SRA），歐洲生物信息學研究所（EBI）和DNA數據庫 日本（DDBJ）。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...
如何利用efetch從NCBI中批量下載數據？
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8、SRR數據下載https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/
1、prefetch SRRxxxxxx ～/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下載方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA數據庫 SRA數據庫 ...
NCBI SRA數據庫使用詳解
轉：https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下載SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15 ...