barcode(index)
在很多情況下，我們需要把多個樣本混合在一起，在同一個通道(lane)里完成測序。像轉錄組測序、miRNA測序、lncRNA測序、ChIP測序等等，通常每個樣本所需要的數據量都比較少，遠少於HiSeq一個通道的產出能力，混合樣本是普遍作法。以轉錄組測序為例，一個樣本測序20 M片段(reads ...
原文：超短reads（primer、barcode、UMI、index等）比對方法
二代reads最短都有 bp，所以大家常用的比對工具都是不支持 bp以下的reads的比對的。 但是，在實際中，我們確實又有比對super short reads的需求。 So，我找到了如下方法來比對super short reads： .msa.sh，bbmap里的，好用，但是太慢。 .bbduk.sh，bbmap里的，不支持輸出sam文件，只能輸出map和unmap的reads。 .bbmap ...
2017-07-21 16:19 0 1567 推薦指數：
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