單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...
本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization and clustering of cells. Tools for the ordering of cells amp bifurcat ...
2017-07-12 18:13 0 6366 推薦指數:
單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...
實驗室馬上要開始做heart的單細胞空間轉錄組,需要提前了解一下基本的data。 廢話不多說,先把示例數據和教程跑一遍,找找感覺。 參考:Seurat4.0系列教程22:空間轉錄組的分析、可視化與整合 樣本制備 - 獲取高質量數據的前提 參考 ...
自從2009年單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seq,scRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展 ...
無論是傳統的多細胞轉錄組測序(bulk RNA-seq)還是單細胞轉錄組測序(scRNA-seq),差異表達分析(differential expression analysis)是比較兩組不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一組樣本相對於另一組樣本表達顯著上調(up-regulated)和下調 ...
本,這些轉錄本分別在細胞/個體分化發育的不同階段,在不同的組織中有各自特異的表達和功能,從而極大地豐富了編碼R ...
細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...
圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量 ...
圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型(cell ...