原文:scRNA-seq單細胞測序數據分析工具匯總

本文總結自一篇綜述: Computational approaches for interpreting scRNA seq data 單細胞分析分為兩個層次: cell level gene level Tools for the visualization and clustering of cells. Tools for the ordering of cells amp bifurcat ...

2017-07-12 18:13 0 6366 推薦指數:

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單細胞轉錄組測序技術(scRNA-seq)及細胞分離技術分類匯總

單細胞測序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在過去的十多年里,高通量測序技術被廣泛應用於生物和醫學的各種領域,極大促進了相關的研究和應用。其中轉錄組測序(RNA-seq)被廣泛應用於測定和描繪各類物種的基因或轉錄 ...

Sat Sep 07 23:23:00 CST 2019 0 1442
單細胞空間轉錄組 | scRNA-seq

實驗室馬上要開始做heart的單細胞空間轉錄組,需要提前了解一下基本的data。 廢話不多說,先把示例數據和教程跑一遍,找找感覺。 參考:Seurat4.0系列教程22:空間轉錄組的分析、可視化與整合 樣本制備 - 獲取高質量數據的前提 參考 ...

Fri Dec 17 03:02:00 CST 2021 0 138
單細胞轉錄組測序技術及各類數據分析方法總結

自從2009年單細胞轉錄組測序(single-cell RNA-seqscRNA-seq)技術首次問世,至今已經有幾十種不同的scRNA-seq技術相繼被開發出來。在過去的十年里,單細胞轉錄組測序技術得到了蓬勃的發展,從而使得可在單細胞水平揭示全基因組范圍內所有基因的表達情況,可以更精准的開展 ...

Tue Sep 17 20:35:00 CST 2019 0 1696
單細胞測序數據的差異表達分析方法總結

無論是傳統的多細胞轉錄組測序(bulk RNA-seq)還是單細胞轉錄組測序scRNA-seq),差異表達分析(differential expression analysis)是比較兩組不同樣本基因表達異同的基本方法,可獲得一組樣本相對於另一組樣本表達顯著上調(up-regulated)和下調 ...

Sat Sep 07 22:42:00 CST 2019 0 2592
基於單細胞測序數據構建細胞狀態轉換軌跡(cell trajectory)方法總結

細胞狀態轉換軌跡構建示意圖(Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014)在各種生物系統中,細胞都會展現出一系列的不同狀態(如基因表達的動態變化等),這些狀態(state)之間會按照一定的時間順序轉換。最典型的比如細胞的分化過程,從不成熟的細胞逐漸分化 ...

Mon Sep 09 01:36:00 CST 2019 0 1017
單細胞測序數據的降維方法及細胞亞型的鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量 ...

Sat Sep 07 22:46:00 CST 2019 0 1398
單細胞測序數據的降維方法及細胞亞型鑒定聚類方法總結

圖1、細胞亞型的鑒定及分析(Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015) 隨着單細胞測序技術的發展,每個研究或實驗中測定的細胞數量在顯著增加。現在很多單細胞研究中,少則產生幾百,多則產生幾十萬的細胞數量,甚至更多。其中,細胞亞型(cell ...

Fri Sep 06 06:40:00 CST 2019 0 425
 
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