原文:差異表達基因分析:差異倍數(fold change), 差異的顯著性(P-value) | 火山圖

Differential gene expression analysis:差異表達基因分析 Differentially expressed gene DEG :差異表達基因 Volcano Plot:火山圖 差異倍數 fold change fold change翻譯過來就是倍數變化,假設A基因表達值為 ,B表達值為 ,那么B的表達就是A的 倍。一般我們都用count TPM或FPKM來衡量基 ...

2017-08-16 12:08 0 79378 推薦指數:

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P值(P-value),“差異具有顯著性”和“具有顯著差異

鄭冰剛提到P值,說P值的定義(着重號是筆者加的,英文是從WikiPedia摘來的): P值就是當原假設為真時,比所得到的樣本觀察結果更極端的結果出現的概率。 The P-value is the probability of obtaining a result ...

Fri Aug 05 02:55:00 CST 2016 0 54816
NMDS分析+ANOSIM組間差異顯著性檢驗

NMDS分析,即非度量多維尺度分析(non-metric multidimensional scaling)是一種將多維空間的研究對象(樣本或變量)簡化到低維空間進行定位、分析和歸類,同時又保留對象間原始關系的數據分析方法。其基本特征是將對象間的相似或相異性數據看成點間距離的單調函數,在保持 ...

Mon Dec 30 02:20:00 CST 2019 0 1032
如何判斷組之間是否有顯著性差異

怎么知道組之間是否有顯著性差異? 方法:單因素方差分析;雙尾檢驗;K-S檢驗;x²檢驗;蒙特卡羅檢驗 1 K-S檢驗法介紹: 有人首先想到單因素方差分析或雙尾檢驗(2 tailed TEST)。其實這些是不准確的,最好采用Kolmogorov-Smirnov test(柯爾莫諾夫-斯米爾 ...

Sat Dec 29 05:26:00 CST 2018 0 12693
R語言可視化學習筆記之添加p-value顯著性標記

R語言可視化學習筆記之添加p-value顯著性標記 http://www.jianshu.com/p/b7274afff14f?from=timeline 上篇文章中提了一下如何通過ggpubr包為ggplot添加p-value以及顯著性標記,本文將詳細介紹。利用數據集 ...

Mon Nov 20 07:36:00 CST 2017 0 13114
差異表達分析之FDR

差異表達分析之FDR 隨着測序成本的不斷降低,轉錄組測序分析已逐漸成為一種很常用的分析手段。但對於轉錄組分析當中的一些概念,很多人還不是很清楚。今天,小編就來談談在轉錄組分析中,經常會遇到的一個概念FDR,那什么是FDR?為什么要用FDR呢?一起來學習吧! 什么是FDR ...

Wed Nov 07 06:42:00 CST 2018 0 1757
【轉錄組入門】7:差異基因分析

作業要求: 使用R語言,載入表達矩陣,然后設置好分組信息,統一用DEseq2進行差異分析,當然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。 基本任務是得到差異分析結果,進階任務是比較多個差異分析結果的異同點。 【1】安裝DESeq2 DESeq2對於輸入數據 ...

Wed Jul 04 05:47:00 CST 2018 0 5049
 
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