如下圖片所示: 對於位置為 的allele來說,REF為A,ALT為C 想確定變異到底是純合還是雜合,即兩條染色體是否同時發生了變異,則看GT,GT對應的數值為 ,說明該變異為雜合 如果GT對應的數值為 ,說明該變異為純合。 ...
2017-06-25 18:15 0 1309 推薦指數:
VCF文件示例(VCFv4.2) CHROM: 表示變異位點是在哪個contig 里call出來的,如果是人類全基因組的話那就是chr1…chr22,chrX,Y,M。 POS: 變異位點相對於參考基因組所在的位置,如果是indel ...
見命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 參考鏈接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge ...
tabix 可以對NGS分析中常見格式的文件建立索引,從而加快訪問速度,不僅支持VCF文件,還支持BED, GFF,SAM等格式。 下載地址: 由於snp數量多,所以vcf文件也非常大,常見做法用bgzip進行壓縮 壓縮之后,原本的view.vcf文件就變成 ...
前言: 在AFL的fuzzing過程中,維護了一個 testcase 隊列 queue ,每次把隊列里的文件取出來之后,對其進行變異,下面就先粗略講一下各個階段的變異是怎樣的。 bitflip: 按位翻轉,每次都是比特位級別的操作,從 1bit 到 32bit ,從文件 ...
1. bgzip 壓縮 vcf 文件為 gz 文件 bgzip -c T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf >T8_B8_TN_20171226190133_TN_haplotyper.vcf.gzbgzip -c ...
在對vcf的操作有這樣三個軟件: 利用Bcftools按樣本拆分文件主要利用了“--view”這個軟件包,主要代碼如下: 這里面三個參數: 就可以完成了。 ...