上一篇文章已經介紹了后綴樹的前前后后的知識,並且采用各種技巧逼近線性時間了,至於具體怎么操作大家看完之后應該多多少少有點想法了。而之所以將本文跟上一篇文章分開,主要考慮有三: 第一,和在一起文章就會太長了,看的頭疼。 第二,理論跟實現本來就有差異,本文中一些具體實現並沒有嚴格遵守 ...
Ukkonen算法是一個非常直觀的算法,其思想精妙之處在於不斷加字符的過程中,用字符串上的一段區間來表示一條邊,並且自動擴展,在需要的時候把邊分裂。使用這個算法的好處在於它非常好寫,代碼很短,並且它是在線的,時間復雜度為 O n ,是后綴樹構建算法的佳選。 算法 我們保存當前節點now的位置,以及剩下還沒有實際上插入的后綴數量remain。設當前字符串中已插入的字符數量為 n 。 最開始remai ...
2017-05-18 22:17 0 1322 推薦指數:
上一篇文章已經介紹了后綴樹的前前后后的知識,並且采用各種技巧逼近線性時間了,至於具體怎么操作大家看完之后應該多多少少有點想法了。而之所以將本文跟上一篇文章分開,主要考慮有三: 第一,和在一起文章就會太長了,看的頭疼。 第二,理論跟實現本來就有差異,本文中一些具體實現並沒有嚴格遵守 ...
聲明: 此為 Esko Ukkonen 論文翻譯,由於本人才疏學淺,為了使用后綴樹來進行DNA匹配,翻譯此論文,完全是順帶之舉,如有錯誤,請見諒!同時也是發現網上類似資料都不完整,顧發出翻譯原版論文來,僅供學習交流之用。 其實我多想用Latex來翻譯排版的,不過為了發出來交流,排版系統也就沒有用 ...
我是好文章的搬運工,原文來自博客園,博主July_,地址:http://www.cnblogs.com/v-July-v/archive/2011/10/22/2316412.html 從Trie樹(字典樹)談到后綴樹 ...
后綴樹: 字符串匹配算法一般都分為兩個步驟,一預處理,二匹配。 KMP和AC自動機都是對模式串進行預處理,后綴樹和后綴數組則是對文本串進行預處理。 后綴樹的性質: 存儲所有 n(n-1)/2 個后綴需要 O(n) 的空間,n 為的文本(Text)的長度; 構建后綴樹需要 O(dn ...
在《字符串匹配算法》一文中,我們熟悉了字符串匹配問題的形式定義: 文本(Text)是一個長度為 n 的數組 T[1..n]; 模式(Pattern)是一個長度為 m 且 m≤n 的數組 P[1..m]; T 和 P 中的元素都屬於有限的字母表 Σ 表; 如果 0≤s≤n-m ...
后綴樹Suffix-Tree的應用 前言 關於字符串的處理,如最長公共子串、回文問題等,用后綴樹可以很好的解決,下面對其應用做一個簡單的介紹。 什么是后綴樹 后綴樹(Suffix tree)是一種樹形數據結構,能快速解決很多關於字符串的問題。后綴樹的概念最早由Weiner ...
文章轉載於 Original 2017-07-08 Berlin 生信百科 (1)距離法 對於UPGMA樹現在已經很少見了,我只有在處理SSR數據的時候分析過一次,ME的方法不適用於物種數目較多的時候,計算時間較長。因此在這里以鄰接法,NJ(Neighbor-Joining ...
如果輸入序列是表達式(前綴表達式、中綴表達式、后綴表達式,中綴表達式要求帶括號有幾個運算符就帶幾個)則構建出來的樹為表達式樹,對該樹前、中、后序遍歷得到對應序的表達式。 不過,中綴表達式帶括號,而表達式樹不帶括號,故中序遍歷表達式樹時需要加適當的括號才能得到正確的中綴表達式。 1、表達式樹 ...