原文:如何提取一個轉錄本的3'UTR區域的序列

在做microRNA 和 mRNA 相互作用預測的時候,大家都知道microRNA 作用的靶點是位於mRNA 的 UTR取,所以只需要提取mRNA 對應的 UTR 區的序列去做分析即可 那么如何提取一個mRNA的 UTR區呢 在UCSC數據庫中,提供了 UTR區序列的下載,以人類hg 為例, 利用table browser 瀏覽器選擇對應的序列 鏈接:http: genome.ucsc.edu c ...

2017-05-03 14:59 0 7404 推薦指數:

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CDS & ORF & 啟動子 & 終止子 & 轉錄因子 & 基因結構 & UTR

ORF和CDS的區別 ORF的英文展開是open reading frame(開放閱讀框)。 CDS的英文展開是coding sequences (編碼區)。 CDS:DNA轉錄成mRNA,mRNA經剪接等加工后翻譯出蛋白質,所謂CDS就是與蛋白質序列一 一對應的DNA序列,且該序列中間不含 ...

Tue Jan 10 19:43:00 CST 2017 0 4295
轉錄組入門(5):序列比對

任務列表 比對軟件 hisat2的用法 下載index文件 比對、排序、索引 質量控制 載入IGV,截圖幾個基因 hisat2的用法 ...

Thu Aug 17 06:18:00 CST 2017 0 1159
轉錄組入門】5:序列比對

作業要求: 比對軟件很多,首先大家去收集一下,因為我們是帶大家入門,請統一用hisat2,並且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主頁下載index文件即可,然后把fastq格式的reads比對上去 ...

Sun Jul 01 06:26:00 CST 2018 0 3739
獲取基因的所有轉錄本(不同亞型)的外顯子區域

轉載地址: https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9361101.html 1. 基因轉錄本亞型 蛋白質亞型或“蛋白質變體“是一組高度相似的蛋白質成員,這些成員來源於單個基因或基因家族,是遺傳差異造成的結果。雖然許多具有相同或相似的生物學作用 ...

Wed Mar 13 01:25:00 CST 2019 0 740
獲取基因的所有轉錄本(不同亞型)的外顯子區域

1. 基因轉錄本亞型 蛋白質亞型或“蛋白質變體“是一組高度相似的蛋白質成員,這些成員來源於單個基因或基因家族,是遺傳差異造成的結果。雖然許多具有相同或相似的生物學作用,但一些亞型具有獨特的功能。這些高度相似的蛋白質亞型可以由可變剪切(圖1)、可變啟動子或單基因 ...

Wed Jul 25 01:01:00 CST 2018 0 5663
Opencv2系列學習筆記10(提取連通區域輪廓) 另一個

http://blog.csdn.net/lu597203933/article/details/17362457 連通區域指的是二值圖像中相連像素組成的形狀。而內、外輪廓的概念及opencv1中如何提取二值圖像的輪廓見我的這篇博客:http://blog.csdn.net ...

Tue Mar 01 18:34:00 CST 2016 0 6250
傳統候選區域提取方法

BING 論文《BING: Binarized Normed Gradients for Objectness Estimation at 300fps》 南開大學媒體計算實驗室,CVPR2014 ...

Sat Sep 02 06:33:00 CST 2017 0 1285
Opencv 提取圖像中的矩形區域

采用OPENCV,從一幅圖像中提取部分區域,並保存為新圖像。 2010-08-04 09:57 2657人閱讀 評論(3) 收藏 舉報 image 采用OPENCV,從一幅圖像中提取部分區域,並保存為新圖像。 void ...

Wed Apr 10 06:11:00 CST 2013 0 7999
 
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