目錄 需求 示例文件 代碼實現 補充說明 需求 客戶的一個簡單需求: 我有一批功能基因位點,想從重測序的群體材料中找到這些位點,如何批量快速獲得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代碼實現 run.sh ...
SNP是單核苷酸多態性,人的基因是相似的,有些位點上存在差異,這種某個位點的核苷酸差異就做單核苷酸多態性,它影響着生物的性狀,影響着對某些疾病的易感性。SNPedia是一個SNP調査百科,它引用各種已經發布的文章,或者數據庫信息對SNP位點進行描述,共享着人類基因組變異的信息。我們可以搜索某個SNP位點來尋找與之相關的信息,也可以根據相關疾病,症狀來尋找相關的SNP。 初次使用SNPedia S ...
2017-03-08 18:30 7 3417 推薦指數:
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上位置為122-124范圍的位點 cat variants.vcf | java -jar Sn ...
眾所周知,全基因組關聯分析(GWAS)發現的很多變異位點基本為非編碼,這些變異位點1)要么調控基因表達(eQTL); 2)要么影響增強子活性; 3)要么影響轉錄因子(TF)結合特異性; 4)要么啥也不是。 針對以上四種情況: 1)是否調控基因表達(eQTL)可通過GTEx(https ...
一、基礎 最初由Rosten和Drummond [Rosten06]提出的FAST(加速段測試的特征)特征檢測算法是基於將點P與其包圍圓內的點集的直接比較的思想。 基本思想是,如果附近的幾個點與P類似,那么P將成為一個很好的關鍵點。點P是FAST算法的關鍵點候選者。 影響P分類的點的圈 ...
一、從URL讀取並返回html樹 1.1 Rcurl包 使用Rcurl包可以方便的向服務器發出請求,捕獲URI,get 和 post 表單。比R socktet連接要提供更高水平的交互,並且支持 FTP/FTPS/TFTP,SSL/HTTPS,telnet ...
如何使用R內置的數據集 R在datasets包中提供了100多個可以使用的數據集|通過data()函數加載入內存 data() dim(data()$results) data()$results data()$results[,4] 向量 ...
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