原文:基因表達量表示方法 RPKM VS FPKM VS TPM

之前不是很理解這兩個概念,看了本文之后就差不多理解了。 基因組學技術專題 二 :為什么說FPKM RPKM是錯的 轉自:安諾基因 我們都知道RNA seq是通過NGS技術來檢測基因表達量的測序方法。在衡量基因表達量方面,若是單純以比對到參考基因的Reads個數 我們通常稱之為Count值 來衡量基因的表達量,在統計上是一件相當不合理的事。今天就為大家介紹一下衡量基因表達量的RPKM和FPKM兩種方 ...

2017-02-15 16:24 0 1485 推薦指數:

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FPKM/RPKM以及TPM的理解

FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 閱讀數:559 標簽: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 個人分類: RNA-Seq ...

Thu Oct 18 18:49:00 CST 2018 0 949
轉錄組表達量計RPKMFPKMTPM說明

在轉錄組測序(RNA-Seq)中,基因表達量是我們關注的重點。基因表達量的衡量指標有:RPKMFPKMTPMRPKM:Reads Per Kilobase Million;說實話,這個英文說明真的很費解,其實可以理解為“Reads Per Kilobase Per Million ...

Sat Apr 28 06:03:00 CST 2018 0 31657
【生物信息】RPKM, FPKMTPM

注:這幾個名詞是RNA-Seq數據分析中的基礎,在此小結一下。 在RNA-Seq的分析中,對基因或轉錄本的read counts數目進行標准化(normalization)是一個極其重要的步驟,因為落在一個基因區域內的read counts數目取決於基因長度和測序深度。很容易理解:一個基因 ...

Mon Jul 06 23:38:00 CST 2020 0 6012
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 計算對比

在分析了若干轉錄組之后發現,處理數據的時候最重要的不是技巧多么絢麗,你調包的能力有多么強。而是把基本的概念特別是統計和數學上的方法咬爛嚼吐,才是真正理解和掌握了分析數據的底層原理: 在RNA-Seq的分析中,對基因或轉錄本的read counts數目進行normalization是一個 ...

Fri Jul 06 05:50:00 CST 2018 0 914
TPM、read counts、RPKM/FPKM你選對了嗎?

TPM、read counts、RPKM/FPKM你選對了嗎? 已有 3940 次閱讀 2017-12-15 15:04 |個人分類:RNA-seq|系統分類:科普集錦|關鍵詞:RNA-seq| RNA-seq 本文轉載自嘉因微信公眾號,已獲得授權。查看最新文章,敬請 ...

Fri Oct 19 05:37:00 CST 2018 0 1316
如何獲得FPKM/RPKM計算需要的基因長度(考慮exon之間的overlap)

版權聲明:本文為博主原創文章,轉載請注明出處 這里我們跟Cufflinks的原理一致,使用總的外顯子長度,並且去除過多的重疊的外顯子的部分。使用R語言,輸入為基因的GTF文件 包的安裝 依賴data.table, IRanges,rtracklayer 代碼 結果文件 ...

Thu Mar 19 18:27:00 CST 2020 0 1890
文本的向量表示

文本的向量表示 1. 為什么需要文本的表示? 文字是人類認知過程中產生的高層認知抽象實體,我們需要將其轉換為數字向量或矩陣作為機器學習算法模型以及神經網絡模型的標准輸入輸出。 2. 詞袋模型(Bag-of-words) Bag-of-words模型是信息檢索領域常用的文檔表示方法 ...

Tue May 26 18:39:00 CST 2020 0 936
 
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