目錄 前言 四個SNP集 hapmapSNPs tagSNPs fixedSNPs barcodeSNPs hapmap ...
R基因的表觀調控控制水稻稻瘟病抗性與水稻產量平衡 名詞解析 . 寫在前面 上海植生所何祖華老師實驗室最新 月 日 發表在Science上的這篇文章短小精悍地講了水稻一個locus上的兩個基因通過蛋白水平的競爭協同控制水稻稻瘟病抗性和水稻產量平衡的故事。 一 摘要 在作物育種中,抗病和糧食產量的平衡至關重要。現實情況是單一的抗病基因 通常為R基因 很容易被病菌攻克,且過多引入R基因很可能影響糧食產量 ...
2017-02-08 23:27 0 1580 推薦指數:
目錄 前言 四個SNP集 hapmapSNPs tagSNPs fixedSNPs barcodeSNPs hapmap ...
基因調控網絡的概念在之前已經簡要介紹過:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁頓表觀遺傳景觀(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因調控下細胞分化的動態性的一個經典的隱喻 ...
RNA-seq這個工具該什么時候用?ATAC-seq該什么時候用?有相當一部分項目設計不行,導致花大錢測了一些沒有意義的數據。 還是在中心法則這個框架下來解釋,這是生物信息的核心。打開華大科技服務官網梳理一下現在到底都有些什么測序技術: 全基因組測序和重測序 - 組裝以及尋找變異 ...
了Plink的格式來給我們在線儲存SNP的信息,可以理解畢竟3025個水稻的全基因組SNP,怎么算都不是個小數 ...
隨着抗生素葯物的發現及使用,越來越多的耐葯菌株由此產生。而耐葯菌株的發展則會增加疾病治療的難度和成本,因此耐葯微生物的研究則顯得尤為重要。目前,通過對耐葯基因的鑒定挖掘能夠一定程度上幫助我們揭開耐葯機制,為疾病的治療、葯物研發提供參考。ARDB是最先整合了各種微生物中抗葯基因的數據庫,但它 ...
GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基於樹的集成學習算法,來通過基因表達數據來推斷基因調控網絡。 小知識點: GENIE3末尾的3並不是指GENIE的第三版本,而是因為通過法語口音來發音的話 ...
最近需要繪制基因調控網絡,選擇了python語言中比較popular的networkx包,先上目前結果圖: 節點是基因或者其他實體,邊代表調控關系,黑色的邊代表抑制,紅色的邊代表激活,紅色的節點代表自我激活,黑色的節點代表自我抑制。 繪制的關鍵點:邊可以有不同的顏色,指向符號可以修改 ...
本文為入門級的基因調控網絡文章,主要介紹一些基本概念及常見的GRN模型。 概念:基因調控網絡 (Gene Regulatory Network, GRN),簡稱調控網絡,指細胞內或一個基因組內基因和基因之間的相互作用關系形成的網絡,特指基因調控 (gene regulation) 導致基因 ...