在生物信息學分析中,經常對DNA序列進行一系列操作,包括子序列截取,互補序列獲取,反向序列獲取,反向互補序列獲取。在python語言中,可編寫如下函數完成這些簡單功能。 子序列截取 python中對序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作 ...
代碼如下: 這是將從一個txt文件中導入序列,然后將互補后的結果輸出到另外一個文件中。 如果一個段序列不長,直接中python交互式界面完成感覺更方便 先定義的一個字典: complement C : G , G : C , T : A , A : T 然后 for i in list seq : rev dna complement i rev dna rev dna :: print rev ...
2017-01-11 12:42 0 2648 推薦指數:
在生物信息學分析中,經常對DNA序列進行一系列操作,包括子序列截取,互補序列獲取,反向序列獲取,反向互補序列獲取。在python語言中,可編寫如下函數完成這些簡單功能。 子序列截取 python中對序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作 ...
All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful ...
用 python 實現如下: 運行結果: ...
一、問題描述 該問題在算法導論中引申自求解兩個DNA序列相似度的問題。 可以從很多角度定義兩個DNA序列的相似度,其中有一種定義方法就是通過序列對齊的方式來定義其相似度。 給定兩個DNA序列A和B,對齊的方式是將空格分別插入到A和B序列中,得到具有相同長度的對齊后的序列C和D;空格可以插入 ...
生物信息學原理作業第二彈:利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...
PHP 數組函數,這兩個以前 沒用到,現在看起來挺有用array_slice — 從數組中取出一段array_splice — 把數組中的一部分去掉並用其它值取代array_slice(PHP 4, PHP 5, PHP 7)array_slice — 從數組中取出一段說明 array ...
生物信息學原理作業第四彈:DNA序列組裝(貪婪算法) 原理:生物信息學(孫嘯) 大致思想: 1. 找到權值最大的邊; 2. 除去以最大權值邊的起始頂點為起始頂點的邊; 3. 除去以最大權值邊為終點為終點的邊; 4. 重復上述步驟,得到所有 ...
http://www.cnblogs.com/itdyb/p/5731804.html 一開始我是這樣寫的,據說這樣寫python2是可以的: myList = [-1,2,-3,4,-5,6] absList = map(abs, myList ...