1.supplementary alignment supplementary alignment是指一條read的一部分和參考區域1比對成功,另一部分和參考區域2比對成功,參考區域1和參考區域2沒 ...
現在BWA大家基本上只用其mem算法了,無論是二代還是三代比對到參考基因組上,BWA應用得最多的就是在重測序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA MEM arXiv: . v 摘要 BWA MEM is a new alignment algorithm for aligning seq ...
2016-12-27 17:32 0 11415 推薦指數:
1.supplementary alignment supplementary alignment是指一條read的一部分和參考區域1比對成功,另一部分和參考區域2比對成功,參考區域1和參考區域2沒 ...
一 建立索引 比對之前,需要對fasta文件構建FM-index索引:bwa index -a bwtsw hg19.fasta 生成 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa ...
bwa的使用需要兩中輸入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根據reference genome ...
名稱 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 內容 摘要 描述 命令行與選項 SAM 比對格式 短序列 ...
Linux 內存概念 1.Linux mem/swap/buffers/cached區別 free命令相對於top,提供了更簡潔的查看系統內存使用情況: mem:表示物理內存統計 buff/cache:表示物理內存的緩存統計 swap:表示硬盤上交換分區的使用情況 系統當前真正 ...
摘抄並用於自查 Linux mem/swap/buffers/cached區別 free命令相對於top,提供了更簡潔的查看系統內存使用情況: # free -m mem:表示物理內存統計 buff/cache:表示物理內存的緩存統計 swap:表示硬盤 ...
本身是名Java開發,在做了一段大數據的工作后,猛然間想對Java做個總結。 從未寫過技術博客,一時不知如何開始,思慮后,暫且以自己喜愛的方式來開篇。 工作中遇到過CPU或內存過高的問題,解決步驟 ...
在服務端,連接達到一定數量,諸如50W時,有些隱藏很深的問題,就不斷的拋出來。 通過查看dmesg命令查看,發現大量TCP: too many of orphaned sockets錯誤,也很正常,下 ...